A Preliminary Work on Evolutionary Identification of Protein Variants and New Proteins on Grids

Jean-Charles Boisson 1, 2, * Laetitia Jourdan 2, 1 El-Ghazali Talbi 2 Christian Rolando 3
* Auteur correspondant
1 LIFL - Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille
2 DOLPHIN - Parallel Cooperative Multi-criteria Optimization
LIFL - Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, Inria Lille - Nord Europe
3 LCOM - Laboratoire de Chimie Organique et Macromoléculaire
Abstract : Protein identification is one of the major task of Proteomics researchers. Protein identification could be resumed by searching the best match between an experimental mass spectrum and proteins from a database. Nevertheless this approach can not be used to identify new proteins or protein variants. In this paper an evolutionary approach is proposed to discover new proteins or protein variants thanks a "de novo sequencing" method. This approach has been experimented on a specific grid called Grid5000 with simulated spectra and also real spectra.
Keywords : Proteomics protein identification mass spectrometry de novo
Type de document :
Communication dans un congrès
AINA 2006, HIPCOMB Workshop, Apr 2006, Vienne, Austria. 2006
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Contributeur : Jean-Charles Boisson <>
Soumis le : mardi 8 avril 2008 - 09:38:13
Dernière modification le : jeudi 5 avril 2018 - 14:30:02
Document(s) archivé(s) le : vendredi 21 mai 2010 - 01:26:02

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Citation

Jean-Charles Boisson, Laetitia Jourdan, El-Ghazali Talbi, Christian Rolando. A Preliminary Work on Evolutionary Identification of Protein Variants and New Proteins on Grids. AINA 2006, HIPCOMB Workshop, Apr 2006, Vienne, Austria. 2006. 〈inria-00270867〉

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