Fine-grained parallelization of similarity search between protein sequences

Van Hoa Nguyen 1, * Dominique Lavenier 1
* Auteur correspondant
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Abstract : This report presents the implementation of a protein sequence comparison algorithm specifically designed for speeding up time consuming part on parallel hardware such as SSE instructions, multicore architectures or graphic boards. Three programs have been developed: PLAST-P, TPLAST-N and PLAST-X. They provide equivalent results compared to the NCBI BLAST family programs (BLAST-P, TBLAST-N and BLAST-X) with a speed-up factor ranging from 5 to 10.
Type de document :
Rapport
[Research Report] RR-6513, INRIA. 2008, pp.40
Liste complète des métadonnées

Littérature citée [20 références]  Voir  Masquer  Télécharger

https://hal.inria.fr/inria-00275250
Contributeur : Rapport de Recherche Inria <>
Soumis le : mercredi 23 avril 2008 - 09:55:08
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:05
Document(s) archivé(s) le : mardi 21 septembre 2010 - 16:49:39

Fichiers

RR-6513.pdf
Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Identifiants

  • HAL Id : inria-00275250, version 2
  • ARXIV : 0804.3643

Citation

Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Fine-grained parallelization of similarity search between protein sequences. [Research Report] RR-6513, INRIA. 2008, pp.40. 〈inria-00275250v2〉

Partager

Métriques

Consultations de la notice

329

Téléchargements de fichiers

180