Comparaison intensive des séquences protéiques : indexation des banques et usage des instructions SIMD des microprocesseurs

Van Hoa Nguyen 1, * Dominique Lavenier 1
* Auteur correspondant
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Abstract : This paper presents a method for speeding up the comparison of two protein banks. It is based on two techniques: bank indexing and fast computation of short alignments using the SIMD instruction set of modern microprocessors. The algorithm follows the seed-based approach in which hits are first exhibited before further processing. Performances are compared with BLASTP and show a speed-up of 4 with comparable sensitivity.
Type de document :
Communication dans un congrès
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM, Jun 2008, Lille, France. 2008
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https://hal.inria.fr/inria-00325020
Contributeur : Van Hoa Nguyen <>
Soumis le : jeudi 25 septembre 2008 - 22:49:01
Dernière modification le : vendredi 16 novembre 2018 - 01:24:22
Document(s) archivé(s) le : jeudi 3 juin 2010 - 19:35:47

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Citation

Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Comparaison intensive des séquences protéiques : indexation des banques et usage des instructions SIMD des microprocesseurs. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM, Jun 2008, Lille, France. 2008. 〈inria-00325020〉

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