Lossless Filter for Finding Long Multiple Approximate Repetitions Using a New Data Structure, the Bi-factor Array

Pierre Peterlongo; Nadia Pisanti; Frederique Boyer; Marie-France Sagot

doi:10.1007/11575832

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Lossless Filter for Finding Long Multiple Approximate Repetitions Using a New Data Structure, the Bi-factor Array

Pierre Peterlongo ¹ Nadia Pisanti ² Frederique Boyer ^{3, 4} Marie-France Sagot ^{3, 5}

1 LIGM - Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge

2 Department of Computer Science [Pisa]

3 HELIX - Computer science and genomics

Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558

4 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558

5 Baobab

PEGASE - Département PEGASE [LBBE]

Pierre Peterlongo ¹ AuthorId : 333112

Author IdHAL : pierre-peterlongo ORCID : https://orcid.org/0000-0003-0776-6407

Nadia Pisanti ² AuthorId : 216703

Author

Frederique Boyer ^{3, 4} AuthorId : 358534
Author

Marie-France Sagot ^{3, 5} AuthorId : 216688

Author Employer institution : Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique IdHAL : marie-france-sagot

1 LIGM - Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (Université de Paris-Est Marne-la-Vallée, Cité Descartes, Bâtiment Copernic, 5 bd Descartes, 77454 Marne-la-Vallée Cedex 2 - France) StructId : 3210

UPEM - Université Paris-Est Marne-la-Vallée (5 boulevard Descartes - Champs-sur-Marne - 77454 Marne-la-Vallée Cedex 2 - France) StructId : 301243
ENPC - École des Ponts ParisTech (École des Ponts ParisTech 6-8 avenue Blaise-Pascal Cité Descartes 77455 Champs-sur-Marne Marne-la-Vallée cedex 2 - France) StructId : 301545
ESIEE Paris (2 boulevard Blaise Pascal Cité Descartes BP 99 93162 Noisy-le-Grand Cedex - France) StructId : 302035
Fédération de Recherche Bézout (France) StructId : 302085
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8049 (France) StructId : 441569

2 Department of Computer Science [Pisa] (University of Pisa. - Italy) StructId : 17464

University of Pisa - Università di Pisa (Lungarno Pacinotti 43 - 56126 Pisa - Italy) StructId : 366408

3 HELIX - Computer science and genomics (Université Claude Bernard (Lyon 1), Campus DOUA 43, Boulevard du 11 Novembre 1918 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 2378

Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée 655 avenue de l'Europe 38330 Montbonnot - France) StructId : 2497
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
  - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

4 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025

UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

5 Baobab (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543494

PEGASE - Département PEGASE [LBBE] (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543488
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
  - UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
    - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

Document type :

Conference papers

Domain :

Computer Science [cs] / Data Structures and Algorithms [cs.DS]

Computer Science [cs] / Bioinformatics [q-bio.QM]

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https://hal.inria.fr/inria-00328129
Contributor : Pierre Peterlongo <>
Submitted on : Thursday, October 9, 2008 - 5:26:52 PM
Last modification on : Tuesday, July 20, 2021 - 5:20:05 PM

Identifiers

HAL Id : inria-00328129, version 1
DOI : 10.1007/11575832

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Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Frederique Boyer, Marie-France Sagot. Lossless Filter for Finding Long Multiple Approximate Repetitions Using a New Data Structure, the Bi-factor Array. String Processing and Information Retrieval, 12th International Conference, SPIRE 2005, Nov 2005, Buenos Aires, Argentina. pp.179-190, ⟨10.1007/11575832⟩. ⟨inria-00328129⟩

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