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Conference papers

Etude de l'influence des polymorphismes génétiques sur le profil d'expression des gênes par des méthodes d'extraction de motifs de co-régulation

Résumé : En génétique, l'utilisation de données haut débit (mesure simultanée de l'expression de dizaines de milliers de gènes, et de plusieurs centaines de milliers de polymorphismes) pour tester les liens entre patrimoine génétique et les différences phénotypiques à l'échelle cellulaire, conduit à une augmentation drastique du nombre de tests statistiques effectués. Dès lors, le contrôle de l'erreur de type I impose des seuils de significativité extrêmement faibles, se traduisant par une importante perte de puissance. Nous proposons une méthode visant à utiliser les phénomènes de co-régulation de l'expression des gènes pour faciliter la recherche d'effets génotypiques à grande échelle. La méthode décrite ici repose sur l'extraction non supervisée de motifs pertinents par l'analyse en composantes indépendantes et la recherche de motifs d'expression affectés par le génotype. La connaissance des polymorphismes ayant des effets à grande échelle, permet dans un deuxième temps d'affiner la recherche afin d'identifier avec précision les gènes impliqués dans les processus biologiques affectés par le polymorphisme. Une étude par simulations montre que cette approche permet d'augmenter considérablement la puissance des études d'association pour la recherche de polymorphismes affectant 'expression d'un grand nombre de gènes co-régulés. Une application à des données de la Gutenberg Heart Study est proposée.
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https://hal.inria.fr/inria-00386728
Contributor : Conférence Jds2009 <>
Submitted on : Friday, May 22, 2009 - 9:16:45 AM
Last modification on : Thursday, December 10, 2020 - 12:32:14 PM
Long-term archiving on: : Thursday, June 10, 2010 - 11:39:52 PM

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  • HAL Id : inria-00386728, version 1

Citation

Maxime Rotival, Tanja Zellner, Stefan Blankenberg, François Cambien, Laurence Tiret. Etude de l'influence des polymorphismes génétiques sur le profil d'expression des gênes par des méthodes d'extraction de motifs de co-régulation. 41èmes Journées de Statistique, SFdS, Bordeaux, 2009, Bordeaux, France, France. ⟨inria-00386728⟩

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