CRISPI: a CRISPR Interactive database

Christine Rousseau 1 Mathieu Gonnet 2 Marc Le Romancer 3 Jacques Nicolas 1, *
* Auteur correspondant
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
3 LM2E - Laboratoire de Microscopie et d'Etudes de l'Endommagement
DMN - Département des Matériaux pour le Nucléaire : DEN/DMN/SEMI/LM2E
Abstract : The CRISPR genomic structures (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) form a family of repeats that is largely present in archaea and frequent in bacteria. On the basis of a formal model of CRISPR using very few parameters, a systematic study of all their occurrences in all available genomes of Archaea and Bacteria has been carried out. This has resulted in a relational database, CRISPI, which also includes a complete repertory of associated CRISPR-associated genes (CAS). A userfriendly web interface with many graphical tools and functions allows users to extract results, find CRISPR in personal sequences or calculate sequence similarity with spacers.
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Contributeur : Jacques Nicolas <>
Soumis le : lundi 7 février 2011 - 12:19:58
Dernière modification le : lundi 15 octobre 2018 - 16:37:33
Document(s) archivé(s) le : dimanche 8 mai 2011 - 02:21:14

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Citation

Christine Rousseau, Mathieu Gonnet, Marc Le Romancer, Jacques Nicolas. CRISPI: a CRISPR Interactive database. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (24), pp.3317-3318. 〈http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btp586〉. 〈10.1093/bioinformatics/btp586〉. 〈inria-00438512〉

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