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Conference papers

Modèles de mélange tronqués pour l'écologie microbienne. Estimation du nombre d'espèces manquantes.

Résumé : Dans le modèle d'échantillonnage présenté par Fisher en 1943, chaque espèce apporte à l'échantillon un nombre d'individus distribué selon une loi de Poisson. La moyenne de cette loi est spécifique à l'espèce. Cependant, de nombreuses espèces apportent zéro individus et ne sont donc pas observées dans les données. Nous utilisons des modèles de mélanges tronqués pour l'abondance des espèces et estimons les paramètres par maximum de vraisemblance. À cause des espèces manquantes, l'algorithme EM n'est pas applicable directement. Nous présenterons comment appliquer l'algorithme EM à des mélanges de distributions tronquées et en déduire la solution du problème. Pour obtenir des intervalles de confiance, nous utilisons l'approche variationnelle dans un cadre Bayésien. De même que précédemment, il est plus facile d'appliquer l'algorithme pour un mélange de distributions tronquées et d'en déduire la solution du problème. Dans le cadre de la métagénomique, nous montrerons comment estimer le nombre d'espèces manquantes et comment déduire des courbes de raréfaction du modèle de mélange.
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https://hal.inria.fr/inria-00494719
Contributor : Conférence Sfds-Hal <>
Submitted on : Thursday, June 24, 2010 - 8:54:20 AM
Last modification on : Tuesday, June 15, 2021 - 2:57:01 PM
Long-term archiving on: : Monday, October 22, 2012 - 2:45:16 PM

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  • HAL Id : inria-00494719, version 1
  • PRODINRA : 244425

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Sebastien Li-Thiao-Te, Jean-Jacques Daudin, Stéphane Robin, Emilie Lebarbier. Modèles de mélange tronqués pour l'écologie microbienne. Estimation du nombre d'espèces manquantes.. 42èmes Journées de Statistique, 2010, Marseille, France, France. ⟨inria-00494719⟩

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