Tests multiples pour la comparaison des probabilités de survenue d'une infidélité de transcription dans des ARNm sains et cancéreux

Olivier Collignon 1, 2 Marie Brulliard 2 Jean-Marie Monnez 1, 3 Pierre Vallois 1, 3 Benoit Thouvenot 2 Sandrine Jacquenet 2 Virginie Ogier 2 Olivier Roitel 2
1 IECN - Institut Élie Cartan de Nancy
2 Genclis SAS
3 BIGS - Biology, genetics and statistics
IECN - Institut Élie Cartan de Nancy, INRIA Lorraine
Résumé : L'implication d'erreurs de transcription dans l'hétérogénéité du cancer avait jusqu'alors été peu considérée. En effet, la transcription est supposée fidèle et contrôlée par un système complexe de vérification. Afin d'étudier l'hétérogénéité des séquences d'ARNm issus de tissus sains et cancéreux de 17 gènes d'intérêt, les probabilités de survenue d'une substitution de base ont été comparées à chaque position des séquences des transcrits à l'aide d'une procédure de tests multiples. Pour cela, les séquences Expressed Sequences Tags, qui sont des copies partielles des ARNm d'un gène, ont été utilisées et un modèle prenant en compte l'erreur de séquençage inhérente à ces données a été proposé. Enfin, l'estimateur Location Based Estimator du nombre moyen de tests faux positifs a été étendu au cas de statistiques de tests discrètes. Cette étude préliminaire a ainsi permis de mettre en évidence les positions des ARNm plus fréquemment sujettes à des substitutions dans les tissus cancéreux que dans les tissus sains et d'introduire la notion d'infidélité de transcription chez l'Homme.
Type de document :
Communication dans un congrès
42èmes Journées de Statistique, 2010, Marseille, France, France. 2010
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Soumis le : jeudi 24 juin 2010 - 08:54:42
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Olivier Collignon, Marie Brulliard, Jean-Marie Monnez, Pierre Vallois, Benoit Thouvenot, et al.. Tests multiples pour la comparaison des probabilités de survenue d'une infidélité de transcription dans des ARNm sains et cancéreux. 42èmes Journées de Statistique, 2010, Marseille, France, France. 2010. 〈inria-00494733〉

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