CG-seq: a toolbox for automatic annotation of genomes by comparative analysis

Benjamin Grenier-Boley 1 Antoine De Monte 1 Helene Touzet 1, 2, *
* Auteur correspondant
1 SEQUOIA - Sequential Learning
LIFL - Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, Inria Lille - Nord Europe
Résumé : CG-seq est une suite logicielle qui permet l'identification de régions fonctionnelles, telles que les ARN non-codants ou les gènes codants, dans une séquence génomique en utilisant le principe de la génomique comparative et de la comparaison entre espèces. Il prend en entrée une séquence à annoter, ainsi que d'autres séquences de référence issues de différentes espèces, et retourne en sortie une liste de régions candidates, avec leur annotation. Pour ce faire, CG-seq intègre plusieurs logiciels d'analyse de séquences existants, ainsi que de nouveaux modules qui ont été développés spécifiquement pour ce travail. CG-seq est distribué sous licence GPL, et téléchargeable à http://bioinfo.lifl.fr/CGseq. Il est disponible pour une utilisation en ligne de commande ou avec une interface graphique. Une version web est également proposée sur ce même site, qui permet de tester CG-seq sur des séquences de longueur raisonnable.
Type de document :
Rapport
[Research Report] RR-7428, INRIA. 2010, pp.12
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Contributeur : Helene Touzet <>
Soumis le : vendredi 29 octobre 2010 - 16:50:12
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:22:13
Document(s) archivé(s) le : vendredi 26 octobre 2012 - 12:40:17

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Benjamin Grenier-Boley, Antoine De Monte, Helene Touzet. CG-seq: a toolbox for automatic annotation of genomes by comparative analysis. [Research Report] RR-7428, INRIA. 2010, pp.12. 〈inria-00530507〉

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