Prédiction des Motifs de Phycobilines-lyases chez les cyanobactéries

Sevellec Maelle 1, 2
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : Les cyanobactéries sont des organismes photosynthétiques et utilisent des phycobilisomes pour augmenter l'absorption de la lumière. Les phycobilines-lyases sont impliquées dans le processus de biosynthèse de ces phycobilisomes. L'objectif de ce stage était de définir des signatures protéiques pour chaque famille de lyases afin de faciliter l'annotation de plusieurs souches de Synechococcus qui seront séquencées fin 2010, dans le cadre du projet ANR-Pélican. A l'aide d'un logiciel, Protomata-Learner, qui recherche des motifs conservés et en déduit des automates représentant des signatures, nous avons caractérisé avec plus ou moins de succès toutes les familles de lyases. En effet, après avoir testé ces signatures, la grande majorité d'entre elles étaient spécifiques. De plus, 60% de ces signatures n'auraient pas pu être caractéristiques de leur famille sans l'expressivité accrue de Protomata-Learner. Nous avons aussi déterminé des sites actifs potentiels pour chaque type de lyase et mis en évidence qu'il n'existe pas de motif commun à l'ensemble des lyases. Les quelques motifs de lyases qui ont été caractérisés biochimiquement ont été retrouvés dans nos signatures. Ceci montre que Protomata-Learner est un bon outil pour caractériser des familles de protéines. Ces signatures sous forme de protomates peuvent aussi mettre en évidence des divergences évolutives entre les cyanobactéries.
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Contributeur : François Coste <>
Soumis le : mardi 16 novembre 2010 - 16:08:32
Dernière modification le : vendredi 31 août 2018 - 09:18:06

Identifiants

  • HAL Id : inria-00536643, version 1

Citation

Sevellec Maelle. Prédiction des Motifs de Phycobilines-lyases chez les cyanobactéries. [Stage] 2010, pp.71. 〈inria-00536643〉

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