Comparing Protein 3D Structures Using A_purva

Noël Malod-Dognin 1, * Nicola Yanev 2 Rumen Andonov 3
* Auteur correspondant
1 ABS - Algorithms, Biology, Structure
CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée
3 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : La similarité structurale entre protéines donne des renseignements importants sur leurs fonctions. La maximisation du recouvrement de cartes de contacts (CMO) a reçu une attention soutenue ces dix dernières années, et est maintenant considérée comme une mesure de similarité crédible. Nous présentons içi A_purva, un solveur de CMO exacte qui est à la fois efficace (plus rapide que les autres algorithmes exactes) et fiable (fournit des bornes supérieures et inférieures précises de la solution). Ces propriétés le rendent applicable pour des comparaisons et des classifications de protéines à grandes échelles. Disponibilité : http://apurva.genouest.org Contact : support@genouest.org Informations supplémentaires : Le manuel utilisateur d'A_purva, ainsi que de nombreux exemples de cartes de contacts de protéines sont disponibles sur le site web d'A_purva.
Type de document :
Rapport
[Research Report] RR-7464, INRIA. 2010, pp.9
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Contributeur : Noel Malod-Dognin <>
Soumis le : jeudi 25 novembre 2010 - 15:45:08
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:05
Document(s) archivé(s) le : samedi 26 février 2011 - 02:38:30

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  • HAL Id : inria-00539939, version 1

Citation

Noël Malod-Dognin, Nicola Yanev, Rumen Andonov. Comparing Protein 3D Structures Using A_purva. [Research Report] RR-7464, INRIA. 2010, pp.9. 〈inria-00539939〉

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