Modélisation du Signal TGF-b : De lObtention des données à la Simulation

Résumé : Le TGF-b est une cytokine qui possède de nombreuses fonctions biologiques ; croissance, différenciation cellulaire, régulation de la réponse inflammatoire, sécrétion de la matrice extracellulaire et apoptose. La fixation du TGF-b sur des récepteurs membranaires de type thréonine kinases, déclenche une cascade de phosphorylation des protéines SMAD dans le cytoplasme, celles-ci migrent jusqu'au noyau où elles régulent la transcription de gènes cibles. Dans le contexte du cancer le TGF-b présente 2 rôles antagonistes à la fois suppresseur et promoteur de tumeur. C'est en effet un inhibiteur de la prolifération cellulaire mais il peut également être un puissant mitogène au cours de la tumorigénèse. La voie de signalisation dépendante des SMADs s'inscrit au sein d'un réseau complexe impliquant de nombreuses protéines et la compréhension de la dynamique de la signalisation du TGF-b nécessite des approches de modélisation. Dans ce projet, nous avons d'une part travaillé sur un modèle continu différentiel afin d'analyser l'importance du transport nucléocytoplasmique des SMADs sur le signal induit par le TGF-b et d'étudier plus particulièrement le rôle de l'ubiquitine ligase TIF1g dans la dynamique de la protéine SMAD4. D'autre part afin de développer un modèle global de la voie de signalisation du TGF-b, nous avons exploré une nouvelle approche de modélisation discrète des mécanismes biologiques à l'aide du formalisme issu des statecharts. Ce dernier est implémenté dans un logiciel de modélisation en temps discret qui permet de réaliser des simulations pour obtenir l'évolution des entités au cours du temps sous forme de chronogramme. L'intérêt de cette notion de temps sera discuté face à d'autres méthodes emmenant de la littérature.
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Contributeur : Geoffroy Andrieux <>
Soumis le : mercredi 8 décembre 2010 - 09:38:07
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:20:10

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  • HAL Id : inria-00544414, version 1

Citation

Geoffroy Andrieux, Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Nathalie Théret. Modélisation du Signal TGF-b : De lObtention des données à la Simulation. [Stage] 2010. 〈inria-00544414〉

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