In silico prediction of horizontal gene transfer in Streptococcus thermophilus

Résumé : Une combinaison de perte / acquisition de gènes dans un processus de transfert horizontal (HGT) a conduit le Streptococcus thermophilus à s'adapter dans sa niche écologique, c-a-d le lait. Dans ce travail, nous décrivons une méthode de fouille de donnéeS fondée sur la modélisation stochastique, l'analyse de la distribution des gènes homologues et l'identification de traits fréquemment associés à des gènes transférés horizontalement afin d'évaluer quelle proportion du génome a été acquise par HGT. Nous approche montre que 17,7% approximativement des gènes de S. thermophilus (362 CDSs des 1915) ont un biais de composition; ces gènes sont dits "atypiques" . Pour 22% d'entre eux, leur annotation fonctionnelle laisse supposer fortement une acquisition par HGT.
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Archives of Microbiology, Springer Verlag, 2011, 193 (4), pp.287-297. 〈10.1007/s00203-010-0671-8〉
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Contributeur : Jean-François Mari <>
Soumis le : jeudi 24 février 2011 - 11:29:07
Dernière modification le : vendredi 29 juin 2018 - 12:28:05

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Catherine Eng, Annabelle Thibessard, Morten Danielsen, Thomas Bovbjerg Rasmussen, Jean-Francois Mari, et al.. In silico prediction of horizontal gene transfer in Streptococcus thermophilus. Archives of Microbiology, Springer Verlag, 2011, 193 (4), pp.287-297. 〈10.1007/s00203-010-0671-8〉. 〈inria-00569081〉

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