Importance of metabolic coupling for the dynamics of gene expression following a diauxic shift in E. coli

Résumé : Les réseaux de régulation géniques sont composés d'interactions directes, mais incluent aussi des interactions indirectes dues au couplage avec le métabolisme. Nous étudions dans quelle mesure ces interactions indirectes influencent la dynamique du système. Dans ce but, nous avons construit un modèle qualitatif du réseau de régulation génique contrôlant l'assimilation du carbone chez E. coli et nous utilisons ce modèle pour étudier la réponse génique lors d'une diauxie glucose-acetate. Plus précisément, nous comparons les concentrations à l'état stationnaire des enzymes et des régulateurs globaux lors d'une croissance sur glucose et sur acetate, ainsi que la dynamique de l'expression de gènes suite à l'épuisement du glucose. Nous trouvons des différences significatives entre la dynamique prédite en absence et en présence des interactions indirectes. Nos résultats montrent que les interactions dues au couplage avec le métabolisme doivent être prises en compte quand on s'intéresse à la dynamique de réseaux de régulation géniques.
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Rapport
[Research Report] RR-7617, INRIA. 2011
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Contributeur : Hidde De Jong <>
Soumis le : vendredi 13 mai 2011 - 12:23:31
Dernière modification le : jeudi 28 juin 2018 - 14:35:46
Document(s) archivé(s) le : dimanche 14 août 2011 - 03:04:15

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Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Daniel Kahn, Hidde De Jong. Importance of metabolic coupling for the dynamics of gene expression following a diauxic shift in E. coli. [Research Report] RR-7617, INRIA. 2011. 〈inria-00593109〉

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