Étant donné un complexe protéique impliquant deux partenaires, un récepteur et un ligand, ce papier étudie le problème de comparer leur patchs de liaison, i.e. les ensembles d'atomes participant à leur interaction. Ce problème est classiquement formulé comme une recherche de sous-ensembles d'atomes quasi-isométriques entre les deux patchs, une tâche qui est équivalente à une recherche de cliques maximums. Ce problème étant NP-difficile, des patchs de liaison impliquant plus de 300 atomes ne peuvent-être traités. Nous étendons les travaux précédant dans deux directions. Premièrement, nous présentons un encodage générique pour les formes représentées par des complexes cellulaires. Nous partitionnons une forme en couches concentriques, basées sur ''l'ordre de couche'' des cellules du complexe. L'ordre des couches produisant un arbre de couches qui encode la géométrie et la topologie de la forme. Deuxièmement, pour le cas particulier de complexes cellulaires représentant des patchs de liaison de complexes protéiques, nous proposons trois algorithmes de comparaison de formes. Ces algorithmes combinent une distance d'édition d'arbre (TED, pour tree-edit-distance) sur les arbres de couches, avec des opérations d'éditions favorisant respectivement la comparaison topologique ou géométrique des patchs. Nous montrons en particulier que la TED géométrique établit un équilibre, en termes de précision et de temps de calculs, entre des comparaisons purement géométriques ou purement topologiques, et nous commentons brièvement les résultats biologiques qui sont détaillés dans un article compagnon.