Using Dominances for Solving the Protein Family Identification Problem

Noël Malod-Dognin 1 Mathilde Le Boudic-Jamin 2 Pritish Kamath 3 Rumen Andonov 2, *
* Auteur correspondant
1 ABS - Algorithms, Biology, Structure
CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée
2 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : L'identification des familles protéique est un challenge de la biologie computationnelle qui nécessite des méthodes efficaces et robustes. Nous introduisons ici le concept de dominance entre instance de comparaison de structures protéiques, et proposons une nouvelle approche basée sur DAST (Distance Alignment Search Tool), un algorithme exact auquel nous rajoutons des bornes. Les résultats obtenus montrent que notre méthode résout correctement le problème de l'identification des familles protéique sans avoir besoin de résoudre toutes les instances de comparaison de structures
Type de document :
Communication dans un congrès
Przytycka, Teresa and Sagot, Marie-France. 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2011), Sep 2011, Saarbrücken, Germany. Springer Berlin / Heidelberg, 6833, pp.201-212, 2011, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-23038-7_18〉
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Contributeur : Noel Malod-Dognin <>
Soumis le : mardi 19 juillet 2011 - 09:36:39
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 16:22:45

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Noël Malod-Dognin, Mathilde Le Boudic-Jamin, Pritish Kamath, Rumen Andonov. Using Dominances for Solving the Protein Family Identification Problem. Przytycka, Teresa and Sagot, Marie-France. 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2011), Sep 2011, Saarbrücken, Germany. Springer Berlin / Heidelberg, 6833, pp.201-212, 2011, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-23038-7_18〉. 〈inria-00609432〉

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