Identification rapide de familles protéiques par dominance

Mathilde Le Boudic-Jamin 1, * Noël Malod-Dognin 2 Alexandre Cornu 1 Jacques Nicolas 1 Rumen Andonov 1
* Auteur correspondant
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
2 ABS - Algorithms, Biology, Structure
CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée
Résumé : La comparaison de stuctures protéiques est une opération fréquente et importante dans le domaine de la bioinformatique. Elle apporte des informations aidant à la détermination des fonctions d'une protéine. Néanmoins, le problème sous-jacent est NP-complet. Différentes approches d'analyse existent: certaines basées sur la superposition de coordonnées (e.g. VAST) et d'autres sur les distances internes conservées dans les structures. L'objectif est donc d'identifier et de classer rapidement des structures similaires. Nous avons classé des structures de la base de données CATH avec un programme nommé A_purva qui utilise l'approche CMO (Conctact Map Overlap). Nous montrons que ce dernier a permis de prédire correctement la classification de 92% des structures soumises et que l'introduction de la notion de dominance a réduit considérablement les temps de classement des protéines.
Type de document :
Communication dans un congrès
12th Annual Congress of the French National Society of Operations Research and Decision Science (ROADEF), Mar 2011, Saint-Étienne, France. 2, pp.791-792, 2011
Liste complète des métadonnées

https://hal.inria.fr/inria-00611457
Contributeur : Noel Malod-Dognin <>
Soumis le : mardi 26 juillet 2011 - 13:53:40
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:05
Document(s) archivé(s) le : dimanche 4 décembre 2016 - 07:53:53

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Identifiants

  • HAL Id : inria-00611457, version 1

Citation

Mathilde Le Boudic-Jamin, Noël Malod-Dognin, Alexandre Cornu, Jacques Nicolas, Rumen Andonov. Identification rapide de familles protéiques par dominance. 12th Annual Congress of the French National Society of Operations Research and Decision Science (ROADEF), Mar 2011, Saint-Étienne, France. 2, pp.791-792, 2011. 〈inria-00611457〉

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