Protein-protein docking based on shape complementarity and Voronoi fingerprint

Thomas Bourquard 1 Jérôme Azé 2, * Anne Poupon 3 David Ritchie 1
* Auteur correspondant
1 ORPAILLEUR - Knowledge representation, reasonning
INRIA Lorraine, LORIA - Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications
2 AMIB - Algorithms and Models for Integrative Biology
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8623, Polytechnique - X, Inria Saclay - Ile de France, UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11, LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique, LIX - Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau]
Résumé : La prédiction de la structure tri-dimensionnelle des complexes protéine-protéine est un enjeu majeur pour la bioinformatique. Nous avions montré dans des travaux précédents que grâce à la modélisation par un diagramme de Voronoï de la structure des protéines, et à l'utilisation d'algorithmes génétiques, il était possible d'optimiser des fonctions de score permettant de distinguer avec une bonne fiabilité les conformations natives des conformations non-natives. Nous montrons dans cet article que cette approche peut être sensiblement améliorée en combinant celle-ci avec des modèles en corps rigide générés par l'algorithme de docking Hex. Cette nouvelle approche, testée sur les cibles CAPRI des rounds 8 à 18, permet de classer dans les 10 meilleures, une conformation quasi-native pour 7 cibles sur les 9 disponibles.
Type de document :
Communication dans un congrès
Emmanuel BARILLOT, Christine F ROIDEVAUX, Eduardo PC ROCHA. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. Institut Pasteur, pp.9-16, 2011, JOBIM 2011
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Contributeur : David Ritchie <>
Soumis le : mercredi 3 août 2011 - 11:53:42
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:24:37
Document(s) archivé(s) le : lundi 12 novembre 2012 - 15:07:32

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Citation

Thomas Bourquard, Jérôme Azé, Anne Poupon, David Ritchie. Protein-protein docking based on shape complementarity and Voronoi fingerprint. Emmanuel BARILLOT, Christine F ROIDEVAUX, Eduardo PC ROCHA. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. Institut Pasteur, pp.9-16, 2011, JOBIM 2011. 〈inria-00613186〉

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