Assessing the Reconstruction of Macro-molecular Assemblies with Toleranced Models

Tom Dreyfus 1 Valérie Doye 2 Frédéric Cazals 1, *
* Auteur correspondant
1 ABS - Algorithms, Biology, Structure
CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée
Résumé : Ce travail introduit le canevas des modèles tolérancés (TOM), afin de modéliser des assemblages macro-moléculaires présentant des incertitudes tant sur la forme des protéines que sur leur position. Un modèle tolérancé étant un continuum de formes emboîtées, nous présentons une panoplie de statistiques permettant d'évaluer ces formes à diverses échelles. Certaines des statistiques qualifient des aspects topologiques (contacts deux à deux, sous-complexes impliquant certaines protéines spécifiques), alors que d'autres sont de nature géométrique (taille des sous-complexes). Nous validons le canevas en évaluant les modèles moyennés du pore nucléaire (NPC) reconstruits récemment par intégration de données, et confrontons nos statistiques à divers résultats relatifs à des sous-complexes. De façon prospective, le canevas des modèles tolérances devrait permettre de gérer des incertitudes diverses, en particulier en cryo electron microscopie et crystallographie.
Type de document :
Rapport
[Research Report] RR-7768, INRIA. 2011
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https://hal.inria.fr/inria-00635590
Contributeur : Tom Dreyfus <>
Soumis le : mardi 25 octobre 2011 - 15:52:25
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 16:43:54
Document(s) archivé(s) le : jeudi 15 novembre 2012 - 10:31:06

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  • HAL Id : inria-00635590, version 1

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Tom Dreyfus, Valérie Doye, Frédéric Cazals. Assessing the Reconstruction of Macro-molecular Assemblies with Toleranced Models. [Research Report] RR-7768, INRIA. 2011. 〈inria-00635590〉

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