Cette thèse porte sur l’analyse spatiale de problèmes de santé publique rencontrés en Afrique subsaharienne. Dans une première étude, nous avons analysé les variations spatiales de la prévalence du VIH au Burundi et les déterminants socio-comportementaux chez les personnes âgées de 15 à 49 ans à partir des données de l’Enquête Démographique et de Santé (EDS) de 2010. Dans une deuxième étude, nous avons analysé l’évolution de la répartition spatiale de la prévalence du retard de croissance chez les enfants âgés de moins de 3 ans en Côte d’Ivoire à partir des données des EDS de 1994, 1998-1999 et 2011-2012. Pour ces deux études, nous avons tout d’abord prédit en des points non échantillonnés les niveaux de prévalence du problème étudié, soit par la méthode des noyaux, soit par la méthode du krigeage ordinaire. Nous avons ensuite procédé à la détection des agrégats spatiaux ou clusters par la méthode de Kulldorff puis à l’identification de zones de différents risques par la méthode du partitionnement oblique du territoire. Finalement, nous avons utilisé la modélisation spatiale pour identifier les facteurs associés. Ces techniques d’analyse spatiale présentent de nombreux avantages mais également de nombreuses limites que nous soulignons.