L’objectif de cette thèse était d’étudier les associations potentielles entre les traitements antirétroviraux reçus par les femmes enceintes infectées par le VIH et les complications pouvant survenir au cours de la grossesse ou être diagnostiquées dans la période néonatale. Ce travail est issu en majeure partie des données de l’Enquête Périnatale Française (ANRS-EPF), cohorte nationale multicentrique ayant inclus plus de 20 000 couples mères-enfants depuis 1986. Actuellement, presque toutes les femmes sont traitées par combinaisons antirétrovirales puissantes (cART ; 98% en 2013) et le taux de transmission est inférieur à 1% : 0.6% (IC95% : 0.4%-0.8% pour la période 2005-2013). La première partie portait sur le risque d’accouchement prématuré dont le taux a augmenté significativement entre la période 1990-1993 et 2005-2009, passant de 9.2% à 14.3%. Le risque d’accouchement prématuré était significativement associé au traitement par cART, par rapport aux monothérapies et bithérapies d’INTI, et au traitement débuté avant la conception par rapport aux traitements débutés en cours de grossesse. La survenue d’une cytolyse hépatique était fréquente (17%), et était liée à la fois à la prématurité, et au type de traitement, plus fréquentes avec les IP qu’avec les inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse. La perturbation du bilan hépatique pourrait être un facteur intermédiaire dans la relation entre traitements et accouchement prématuré. La seconde partie portait sur les malformations congénitales. D’une part, elle a permis de mettre en évidence une association entre exposition à l’efavirenz au premier trimestre de grossesse et les malformations neurologiques, bien que concernant peu de cas (n=4) et n’atteignant la significativité que dans une analyse de sensibilité. Cette association incite à maintenir une vigilance chez les enfants exposés in utero à cette molécule classée tératogène par la FDA mais prescrite de plus en plus largement. D’autre part, l’exposition au premier trimestre à la zidovudine était associée à la survenue de malformations cardiaques. La troisième partie a complété cette étude par une analyse de la fonction cardiaque, des modifications infracliniques de la contractilité et de l’épaisseur des parois du ventricule gauche ont été mises en évidence chez les enfants exposés in utero à une combinaison de traitement contenant la zidovudine et la lamivudine. Ces résultats ne remettent pas en question l’efficacité majeure des traitements antirétroviraux pour la prévention de la transmission de la mère à l’enfant du VIH, mais incitent à la poursuite d’une surveillance épidémiologique des effets indésirables potentiels, de manière à optimiser les prescriptions pour un meilleur rapport bénéfice/risque.