Avec des volumes de données et d’informations de plus en plus importants, des données de plus en plus complexes et fortement inter-reliées, l’extraction de connaissances reste un véritable défi. Les graphes offrent actuellement un support de représentation efficace pour représenter ces données. Parmi les approches existantes, les multi-graphes ont montré que leur pouvoir d’expression était particulièrement adapté pour manipuler des données complexes possédant de nombreux types de relations entre elles. Cette thèse aborde deux aspects principaux liés aux multigraphes : la recherche de sous graphes et la fouille de sous graphes fréquents dans des multigraphes. Elle propose trois propositions dans le domaines du requêtage et de la fouille de données. La première contribution s’inscrit dans la recherche de sous graphes et concerne l’isomorphisme de sous graphes dans des multigraphes. Cette approche peut, par exemple, être appliquée dans de nombreux domaines d’applications comme l’analyse d’images satellites ou de réseaux sociaux. Dans la seconde, nous nous intéressons aux graphes de connaissances et abordons la problématique de l’homorphisme de graphes dans des multigraphes RDF. Dans les deux contributions, nous proposons de nouvelles techniques d’indexations pour représenter efficacement les informations contenues dans les multigraphes. La recherche des sous graphes tire avantage de ces nouveaux index et différentes heuristiques et optimisations sont également proposées pour garantir de bonnes performances lors de l’exécution des requêtes. La seconde contribution s’inscrit dans le domaine de la fouille de données et nous proposons un algorithme efficace pour extraire les multigraphes fréquents. Etant donné l’espace de recherche à considérer, la recherche de motifs fréquents dans des graphes est un problème difficile en fouille de données. Pour parcourir efficacement l’espace de recherche encore plus volumineux pour les multigraphes, nous proposons de nouvelles techniques et méthodes pour le traverser efficacement notamment en éliminant des candidats où détectant à l’avance les motifs non fréquents. Pour chacune de ces propositions de nombreuses expérimentations sont réalisées pour valider à la fois leurs performances et exactitudes en les comparant avec les approches existantes. Finalement, nous proposons une étude de cas sur des jeux de données issues d’images satellites modélisées sous la forme de multigraphe et montrons que l’application de nos propositions permet de mettre en évidence de nouvelles connaissances utiles.