inria-00000813, version 1
Apprentissage de règles de réactions biochimiques à partir de propriétés en logique temporelle
Laurence Calzone 1Nathalie Chabrier-Rivier 1Francois Fages
1Sylvain Soliman
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Actes de (JOBIM)'05 (2005) 183--192
Résumé : Avec le développement de langages formels pour modéliser les systèmes d' interactions biomoléculaires, la possibilité d'effectuer des calculs symboliques au delà des simulations numér iques ouvre la voie à la conception de nouveaux outils de raisonnement automatique destinés au biologiste modélisateur. La machine abstraite biochimique BIOCHAM est un environnement logiciel qui offre un langage simple de règles pour modéliser les interactions biomoléculaires et un langage original fondé sur la logique temporelle pour formaliser les propriétés biologiques du système. En s'appuyant sur ces deux langages formels, il devient possible d'utiliser des techniques d'apprentissage automatique pour inférer de nouvelles règles de réaction moléculaire à partir de propriétés temporelles observées. Dans ce contexte, le but est de corriger ou compléter les modèles BIOCHAM semi-automatiquement. Dans cet article, nous décrivons le système d'apprentissage automatique de BIOCHAM, qui permet, d'une part, de trouver de nouvelles règles d'interaction à partir d' un modèle partiel et de contraintes exprimées en logique temporelle, et d'autre part, d'estimer les valeurs de paramètres cinétiques à partir de propriétés formalisées en logique temporelle avec contraintes numériques sur les concentrations ou leurs dérivées.
- 1 : CONTRAINTES (INRIA Rocquencourt)
- INRIA
- Domaine : Informatique/Langage de programmation
- inria-00000813, version 1
- http://hal.inria.fr/inria-00000813
- oai:hal.inria.fr:inria-00000813
- Contributeur : Sylvain Soliman
- Soumis le : Lundi 21 Novembre 2005, 15:00:41
- Dernière modification le : Mardi 22 Novembre 2005, 12:01:30






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