Implementing Protein Seed-Based Comparison Algorithm on the SGI RASC-100 Platform - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Accéder directement au contenu
Communication Dans Un Congrès Année : 2009

Implementing Protein Seed-Based Comparison Algorithm on the SGI RASC-100 Platform

Résumé

This paper describes a parallel FPGA implementation of a genomic sequence comparison algorithm for finding similarities between a large set of protein sequences and full genomes. Results comparable to the tblastn program from the BLAST family are provided while the computation is improved by a factor 19. The performances are mainly due to the parallelization of a critical code section on the SGI RASC-100 accelerator.

Domaines

Bio-informatique [q-bio.QM] Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]
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Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Van Hoa Nguyen  : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://inria.hal.science/inria-00425237

Soumis le : mardi 20 octobre 2009-16:08:55

Dernière modification le : vendredi 24 mars 2023-14:52:52

Archivage à long terme le : mercredi 16 juin 2010-00:56:04

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Dates et versions

inria-00425237 , version 1 (20-10-2009)

Identifiants

  • HAL Id : inria-00425237 , version 1

Citer

van Hoa Nguyen, Alexandre Cornu, Dominique Lavenier. Implementing Protein Seed-Based Comparison Algorithm on the SGI RASC-100 Platform. Reconfigurable Architectures Workshop - IPDPS, May 2009, Rome, Italy. ⟨inria-00425237⟩

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