Des progrès spectaculaires ont été faits ces deux dernières décennies quant à l'exploration systématique et exhaustive des génomes et des protéomes (ensemble des protéines produites au sein d'un organisme). Mais l'obtention des séquences génomiques et protéiques ne constitue en fait que le début d'un long travail d'analyse dans lequel l'informatique joue un rôle fondamental. Ainsi, face à un génome nouvellement séquencé, il s'agit de répondre aux questions suivantes : Où sont localisés les gènes ? Comment sont organisées leurs régions codantes ? Quelles sont les fonctions du produit de leur expression que sont en particulier les protéines ? Comment cette expression est-elle régulée ? Les bioinformaticiens ont donc adapté ou développé des algorithmes dédiés à l'analyse des séquences biologiques, toujours plus puissants et pertinents.