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Journal articles
Genomic approach to study floral development genes in Rosa sp.
Annick Dubois
1
Arnaud Remay
2
Olivier Raymond
1
Sandrine Balzergue
3
Aurélie Chauvet
1
Marion Maene
1
Yann Pécrix
4, 5
Shu-Hua Yang
1
Julien Jeauffre
6
Tatiana Thouroude
2
Véronique Boltz
1
Marie-Laure Martin-Magniette
3
Stéphane Janczarski
1
Fabrice Legeai
7, 8
Jean-Pierre Renou
3
Philippe Vergne
1
Manuel Le Bris
4, 5
Fabrice Foucher
9
Mohammed Bendahmane
1
8
GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics
Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
Annick Dubois 1
Mail :
Author
Arnaud Remay 2
Author
Olivier Raymond 1
Mail :
Author
Sandrine Balzergue 3
Mail :
Author
Julien Jeauffre 6
Author
Tatiana Thouroude 2
Author
Véronique Boltz 1
Mail :
Author
Marie-Laure Martin-Magniette 3
Mail :
Author IdHAL : marie-laure-martin-magniette ORCID : https://orcid.org/0000-0003-4000-9600 IDP INRA : https://test.federation.renater.fr/idp/shibboleth19634R
Stéphane Janczarski 1
Author
Fabrice Legeai 7, 8
Author
Jean-Pierre Renou 3
Author
Philippe Vergne 1
Author
Manuel Le Bris 4, 5
Mail :
Author IdHAL : manuel-le-bris
Fabrice Foucher 9
Mail :
Author
Mohammed Bendahmane 1
Author
1
RDP - Reproduction et développement des plantes (bat. LR5 46 Allée d'Italie 69364 LYON CEDEX 07 - France)
- ENS Lyon - École normale supérieure - Lyon (15 parvis René Descartes - BP 7000 - 69342 Lyon Cedex 07 - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR0879 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5667 (France)
2
GenHort - Génétique et Horticulture (AGROCAMPUS OUEST, UMR 1259 GenHort, F-49000 Angers, France - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1259 (France)
- AGROCAMPUS OUEST (Institut Supérieur des Sciences Agronomiques, Agroalimentaires, Horticoles et du Paysage - 65, rue de St Brieuc - CS 84215 - 35042 Rennes cedex - France)
3
URGV - Unité de recherche en génomique végétale (2, rue G. Crémieux - BP 5708 91057 EVRY CEDEX - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8114 (France)
- UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne (Boulevard François Mitterrand 91025 Evry Cedex - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR1165 (France)
4
IMEP - Institut Méditerranéen d'Ecologie et de Paléoécologie (Europole de l'Arbois BP 80 13545 Aix-en-Provence cedex 04 Faculté des Sciences de St Jérôme Av. Escadrille Normandie-Niemen - Boite 441 13397 Marseille cedex 20 Faculté des Sciences St Charles 3 place Victor Hugo 13331 Marseille cedex 03 - France)
- Université Paul Cézanne - Aix-Marseille 3 (3, avenue Robert Schumann - 13628 Aix-en-Provence cedex 1 - France)
- Université de Provence - Aix-Marseille 1 (3, place Victor Hugo - 13331 Marseille Cedex 03 - France)
- AU - Avignon Université (74 rue Louis Pasteur - 84 029 Avignon cedex 1 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6116 (France)
5
IMBE - Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (Aix Marseille Université, Campus Etoile, Faculté St-Jérôme case 421 Av. . escadrille Normandie-Niemen 13397 MARSEILLE CEDEX 20 - France)
- AU - Avignon Université : UMR7263 (74 rue Louis Pasteur - 84 029 Avignon cedex 1 - France)
- AMU - Aix Marseille Université : UMR7263 (Aix-Marseille Université Jardins du Pharo 58 Boulevard Charles Livon 13284 Marseille cedex 7 - France)
- Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237 : UMR7263 (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7263 (France)
6
GENHORT - Génétique et Horticulture (France)
- Institut National d'Horticulture (France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR1259 (France)
- UA - Université d'Angers (Université d'Angers - 40 Rue de Rennes, BP 73532 - 49035 Angers CEDEX 01 - France)
7
IGEPP - Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (Domaine de la Motte au Vicomte BP 35327
35653 Le Rheu - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1349 (France)
- UR1 - Université de Rennes 1 : UMR1349 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- AGROCAMPUS OUEST : UMR1349 (Institut Supérieur des Sciences Agronomiques, Agroalimentaires, Horticoles et du Paysage - 65, rue de St Brieuc - CS 84215 - 35042 Rennes cedex - France)
8
GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (Campus de Beaulieu 35042 Rennes cedex - France)
- Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu
35042 Rennes cedex - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc
Campus de Beaulieu
35042 RENNES CEDEX - France)
- CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France)
- ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France)
- IMT Atlantique - IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (Campus Brest : Technopôle Brest-Iroise CS 8381829238 BREST Cedex 3 -
Campus Nantes : 4, rue Alfred Kastler- La chantrerie 44300 NANTES -
Campus Rennes : 2 Rue de la Châtaigneraie, 35510 CESSON SEVIGNE - France)
- IMT - Institut Mines-Télécom [Paris] (37-39 Rue Dareau, 75014 Paris - France)
- UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc
Campus de Beaulieu
35042 RENNES CEDEX - France)
9
Service de Gynécologie et Obstétrique [Rennes] (16, boulevard de Bulgarie, BP 90347, 35203 Rennes cedex 2 - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- CHU Pontchaillou [Rennes] (2 Rue Henri le Guilloux, 35000 Rennes - France)
- Hôpital Sud (France)
Abstract : Cultivated for centuries, the varieties of rose have been selected based on a number of flower traits. Understanding the genetic and molecular basis that contributes to these traits will impact on future improvements for this economically important ornamental plant. In this study, we used scanning electron microscopy and sections of meristems and flowers to establish a precise morphological calendar from early rose flower development stages to senescing flowers. Global gene expression was investigated from floral meristem initiation up to flower senescence in three rose genotypes exhibiting contrasted floral traits including continuous versus once flowering and simple versus double flower architecture, using a newly developed Affymetrix microarray (Rosa1_Affyarray) tool containing sequences representing 4765 unigenes expressed during flower development. Data analyses permitted the identification of genes associated with floral transition, floral organs initiation up to flower senescence. Quantitative real time PCR analyses validated the mRNA accumulation changes observed in microarray hybridizations for a selection of 24 genes expressed at either high or low levels. Our data describe the early flower development stages in Rosa sp, the production of a rose microarray and demonstrate its usefulness and reliability to study gene expression during extensive development phases, from the vegetative meristem to the senescent flower.
Complete list of metadatas
https://hal.inria.fr/hal-00753396
Contributor : Fabrice Legeai <>
Submitted on : Monday, October 8, 2018 - 2:39:17 PM
Last modification on : Sunday, May 31, 2020 - 10:06:02 AM
Document(s) archivé(s) le : Wednesday, January 9, 2019 - 4:29:45 PM
Contributor : Fabrice Legeai <>
Submitted on : Monday, October 8, 2018 - 2:39:17 PM
Last modification on : Sunday, May 31, 2020 - 10:06:02 AM
Document(s) archivé(s) le : Wednesday, January 9, 2019 - 4:29:45 PM
File
journal.pone.0028455.PDF
Publication funded by an institution
Licence
Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
Identifiers
- HAL Id : hal-00753396, version 1
- DOI : 10.1371/journal.pone.0028455
- PRODINRA : 175046
- PUBMED : 22194838
- WOS : 000298369100041
Collections
UNAM | IRISA-D7 | UNIV-RENNES | UR1-UFR-ISTIC | IRISA | INRA | INRIA | UNIV-RENNES1 | UNIV-LYON1 | UNIV-ANGERS | UNIV-EVRY | CNRS | IMEP | IMBE | IRD | UNIV-AMU | OSU-INSTITUT-PYTHEAS | BIOSIT | UR1-UFR-SVE | UNIV-AVIGNON | RDP | ENS-LYON | UDL | IPS2 | OEB | INRAE
Citation
Annick Dubois, Arnaud Remay, Olivier Raymond, Sandrine Balzergue, Aurélie Chauvet, et al.. Genomic approach to study floral development genes in Rosa sp.. PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (12), pp.e28455. ⟨10.1371/journal.pone.0028455⟩. ⟨hal-00753396⟩
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