Compareads: comparing huge metagenomic experiments

Nicolas Maillet 1, * Claire Lemaitre 1 Rayan Chikhi 1 Dominique Lavenier 1 Pierre Peterlongo 1
* Auteur correspondant
1 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics
IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : De nos jours, les analyses de séquences métagénomiques sont principalement menées par comparaison avec les connaissances des bases de données biologiques. Bien que puissantes, ces approches ne permettent pas d'étudier les espèces inconnues et/ou non-cultivables, estimées à 99% chez les bactéries. Ce poster présente Compareads, une approche de métagénomique comparative de novo qui permet de trouver les lectures similaires entre deux jeux de données métagénomique générés par les NGS. Une des originalités de cette approche est la possibilité d'analyser de très grands jeux de données. L'efficacité en temps et en mémoire de Compareads permet de traiter des jeux de données composés de plusieurs centaines de millions de lecture Illumina en quelques heures, en utilisant 4Go de mémoire. Ces performances rendent l'outil utilisable sur les ordinateurs portables actuels. Compareads est disponible sous licence CeCILL et peut être gratuitement téléchargé à l'adresse suivante : http://alcovna.genouest.org/compareads/
Type de document :
Poster
13e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00760332
Contributeur : Nicolas Maillet <>
Soumis le : lundi 3 décembre 2012 - 16:56:35
Dernière modification le : mercredi 11 avril 2018 - 02:01:10
Document(s) archivé(s) le : lundi 4 mars 2013 - 03:51:16

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  • HAL Id : hal-00760332, version 1

Citation

Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo. Compareads: comparing huge metagenomic experiments. 13e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. 2012. 〈hal-00760332〉

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