Comparative study of some methods for simulation of biochemical reactions

Patrick Amar 1, 2
2 AMIB - Algorithms and Models for Integrative Biology
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8623, Polytechnique - X, Inria Saclay - Ile de France, UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11, LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique, LIX - Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau]
Résumé : Dans ce cours nous présenterons quelques unes des méthodes de simulation les plus utilisées pour étudier la dynamique des réseaux biologiques. Ces réseaux pouvant être des réseaux métaboliques, des réseaux de régulation géniques, et aussi les interactions entre ces deux types de réseaux. Nous aborderons trois types d'approches : les simulations continues déterministes (systèmes d'équations diérentielles ordinaires) les simulations discrètes stochastiques, algorithme de Gillespie et systèmes "entité-centrés" (HSIM). Nous verrons dans quels cas ces diverses approches sont applicables et les présupposés qu'elles impliquent. Ces méthodes de simulations seront illustrées à travers deux exemples : étude d'un modèle d'horloge circadienne chez la cyanobactérie, étude de systèmes oscillants à activateurs / inhibiteurs.
Type de document :
Communication dans un congrès
Ecole de Printemps 2012 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2012, Saint Flour, France. 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00763571
Contributeur : Patrick Amar <>
Soumis le : mardi 11 décembre 2012 - 10:26:18
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:23:08

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  • HAL Id : hal-00763571, version 1

Citation

Patrick Amar. Comparative study of some methods for simulation of biochemical reactions. Ecole de Printemps 2012 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2012, Saint Flour, France. 2012. 〈hal-00763571〉

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