Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli

Thomas Bourquard 1 Damien De Vienne 2 Jérôme Azé 3, 4
3 AMIB - Algorithms and Models for Integrative Biology
LIX - Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau], LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique, UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11, Inria Saclay - Ile de France, X - École polytechnique, CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8623
Résumé : Nous proposons une approche permettant de prédire des complexes impliquant trois protéines (appelés trimères) à partir de combinaison de classifieurs appris sur des complexes n'impliquant que deux protéines (dimères). La prédiction de ces trimères repose sur deux hypothèses biologiques : (i) deux protéines orthologues présentent des caractéristiques fonctionnelles similaires; (ii) deux protéines interagissant sous la forme d'un complexe sous-tendent une fonction biologique essentielle à l'espèce concernée. Ces deux hypothèses sont exploitées pour décrire chaque paire de protéines par l'ensemble des espèces pour lesquelles elles possèdent un orthologue. Un ensemble de mesures de qualité classiquement utilisées pour évaluer l'intérêt des règles d'association est utilisé pour évaluer la force du lien entre les deux protéines. L'organisme modèle Escherichia coli a été utilisé pour évaluer notre approche.
Type de document :
Communication dans un congrès
Djamel A. Zighed and Gilles Venturini. EGC 2013 - 13eme conférence Francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2013, Toulouse, France. Hermann, E.24, pp.419-430, 2013, RNTI
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https://hal.inria.fr/hal-00785473
Contributeur : Jérôme Azé <>
Soumis le : mercredi 6 février 2013 - 11:20:59
Dernière modification le : jeudi 11 octobre 2018 - 09:42:03

Identifiants

  • HAL Id : hal-00785473, version 1

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Thomas Bourquard, Damien De Vienne, Jérôme Azé. Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli. Djamel A. Zighed and Gilles Venturini. EGC 2013 - 13eme conférence Francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2013, Toulouse, France. Hermann, E.24, pp.419-430, 2013, RNTI. 〈hal-00785473〉

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