De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs

Hugues Berry 1, 2, 3 Guillaume Beslon 2, 3
2 BEAGLE - Artificial Evolution and Computational Biology
LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information, Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, CarMeN - Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition
Résumé : La question du statut et de l'usage des modèles en sciences est récurrente mais curieusement, elle n'est que relativement peu abordée par les modélisateurs eux-mêmes. Ceux-ci sont pourtant les premiers concernés par le statut de cet " outil ", surtout lorsqu'ils l'utilisent pour interagir avec d'au- tres disciplines scientifiques. Dans ce chapitre, nous, modélisateurs exploitant des modèles individu-centrés pour produire des connaissances en biologie, portons un regard sur notre propre pratique de la modélisation. Cela nous conduit à considérer nos modèles comme des instruments scientifiques et, partant, à proposer un usage des modèles adapté à ce statut. Nous en déduisons plusieurs contraintes sur l'usage des modèles que nous déclinons sous la forme de règles de bonne conduite pour le modélisateur. En par- ticulier, de même que tout instrument utilise des technologies issues d'une discipline pour porter un regard sur une autre, nous soutenons ici l'idée que la principale difficulté dans la pratique de la modélisation n'est pas tant le statut épistémologique des modèles que l'interdisciplinarité qui résulte natu- rellement de leur usage. Nous illustrons notre propos par un exemple issu de la microbiologie : le positionnement du septum de la bactérie E. coli, étudié ici par des mécanismes de réaction-diffusion intracellulaires. Cet exemple montre en particulier comment la production de connaissances à partir d'un modèle demande de faire appel à un ensemble d'outils issus de plusieurs dis- ciplines, de les confronter et de les faire communiquer pour les inclure dans le modèle, le paramétrer, l'analyser et in fine produire la connaissance. Enfin, en conclusion, nous revenons sur la position du modélisateur dans cette boucle vertueuse qui va du modèle à son objet. Nous suggérons en particulier que le modélisateur, plus qu'être un acteur de cette boucle, en est l'incarnation.
Type de document :
Chapitre d'ouvrage
Franck Varenne and Marc Silberstein. Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, 1, Editions Matériologiques, Paris, 2013, 978-2-919694-19-8
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Contributeur : Hugues Berry <>
Soumis le : jeudi 18 avril 2013 - 23:47:31
Dernière modification le : mercredi 31 octobre 2018 - 12:24:20

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Hugues Berry, Guillaume Beslon. De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs. Franck Varenne and Marc Silberstein. Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, 1, Editions Matériologiques, Paris, 2013, 978-2-919694-19-8. 〈hal-00815550〉

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