De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs - Archive ouverte HAL Access content directly
Book Sections Year : 2013

De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs

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Abstract

Questioning the status and usage of models in science is common practice, but, strangely, has hardly been tackled by the modelers themselves. Yet, this issue should be of prime concern to modelers, especially when they use their models to interact with other disciplinary fields. In this chapter, we, as modelers developing individual-based models in order to produce new knowledge in biology, question our own practice of modelling. This leads us to consider our models as scientific instruments, thence to propose a way to use them as a fair practice to match this status. We deduce several con- straints related to the usage of models that we arrange as rules of a code of good practice for the modeler. In particular, just as any instrument borrows technologies in a given field to investigate another field, we argue that the major issue in modeling is not really the epistemological status of the models, but rather the interdisciplinarity that naturally emerges from their usage. We illustrate our points by an example in microbiology : the positioning by intra- cellular reaction-diffusion mechanisms, of the division septum in E. coli. This example shows how the production of knowledge from a model necessitate to leverage a diverse set of tools from various disciplinary fields, to confront them and have them interact in order to include them in the model before parametrizing and analyzing it and in fine, produce new knowledge. In con- clusion, we focus on the position of the modeler within the virtuous circle hat links the model to its modeled object. We suggest in particular that the modeler is more than an actor in this circle, it actually embodies it.
La question du statut et de l'usage des modèles en sciences est récurrente mais curieusement, elle n'est que relativement peu abordée par les modélisateurs eux-mêmes. Ceux-ci sont pourtant les premiers concernés par le statut de cet " outil ", surtout lorsqu'ils l'utilisent pour interagir avec d'au- tres disciplines scientifiques. Dans ce chapitre, nous, modélisateurs exploitant des modèles individu-centrés pour produire des connaissances en biologie, portons un regard sur notre propre pratique de la modélisation. Cela nous conduit à considérer nos modèles comme des instruments scientifiques et, partant, à proposer un usage des modèles adapté à ce statut. Nous en déduisons plusieurs contraintes sur l'usage des modèles que nous déclinons sous la forme de règles de bonne conduite pour le modélisateur. En par- ticulier, de même que tout instrument utilise des technologies issues d'une discipline pour porter un regard sur une autre, nous soutenons ici l'idée que la principale difficulté dans la pratique de la modélisation n'est pas tant le statut épistémologique des modèles que l'interdisciplinarité qui résulte natu- rellement de leur usage. Nous illustrons notre propos par un exemple issu de la microbiologie : le positionnement du septum de la bactérie E. coli, étudié ici par des mécanismes de réaction-diffusion intracellulaires. Cet exemple montre en particulier comment la production de connaissances à partir d'un modèle demande de faire appel à un ensemble d'outils issus de plusieurs dis- ciplines, de les confronter et de les faire communiquer pour les inclure dans le modèle, le paramétrer, l'analyser et in fine produire la connaissance. Enfin, en conclusion, nous revenons sur la position du modélisateur dans cette boucle vertueuse qui va du modèle à son objet. Nous suggérons en particulier que le modélisateur, plus qu'être un acteur de cette boucle, en est l'incarnation.
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Dates and versions

hal-00815550 , version 1 (18-04-2013)

Identifiers

  • HAL Id : hal-00815550 , version 1

Cite

Hugues Berry, Guillaume Beslon. De la modélisation comme poésie. La modélisation de systèmes biologiques complexes vue par deux modélisateurs. Franck Varenne and Marc Silberstein. Modéliser & simuler. Epistémologies et pratiques de la modélisation et de la simulation, 1, Editions Matériologiques, Paris, 2013, 978-2-919694-19-8. ⟨hal-00815550⟩
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