3BAMBOO - An algorithmic view on genomes, cells, and environments (Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive. UMR CNRS 5558 Campus de La Doua - Université Claude Bernard - Lyon 1 Bâtiment Grégoire Mendel - 16 rue Raphael Dubois 69 100 Villeurbanne -- INRIA Grenoble - Rhône-Alpes Inovallée 655 avenue de l'Europe -Montbonnot 38 334 Saint Ismier Cedex France - France)