AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomique

Charles Bettembourg 1, 2, * Olivier Dameron 2 Anthony Bretaudeau 3, 4 Fabrice Legeai 5, 6
* Auteur correspondant
2 Dyliss - Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences
Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
4 Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes]
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, UR1 - Université de Rennes 1, Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
5 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics
Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
Résumé : Les études génomiques et post-génomiques génèrent de nombreuses données d'expression de plu-sieurs types d'ARN (messagers, micro, pi et lnc) ainsi que des informations sur la présence de marques épigé-nétiques (méthylation des histones, méthylation de l'ADN, accessibilité). L'identification des interactions entre ces différents acteurs biologiques par les biologistes à partir des fichiers tabulés contenant les données brutes est une tâche longue et difficile. AskOmics est un nouvel outil générique en cours de développement capable d'intégrer les données contenues dans des fichiers tabulés dans une base de données RDF, et de permettre aux biologistes de construire visuellement leurs requêtes sans avoir besoin de connaître la structure de la base de données ni de maitriser un langage de requêtes.
Type de document :
Communication dans un congrès
IN OVIVE (INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement), Jun 2015, Rennes, France. pp.7, 〈https://colloque.inra.fr/in_ovive_2015〉
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Contributeur : Olivier Dameron <>
Soumis le : mardi 18 août 2015 - 14:31:11
Dernière modification le : vendredi 16 novembre 2018 - 01:31:06
Document(s) archivé(s) le : jeudi 19 novembre 2015 - 10:54:41

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Citation

Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai. AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomique. IN OVIVE (INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement), Jun 2015, Rennes, France. pp.7, 〈https://colloque.inra.fr/in_ovive_2015〉. 〈hal-01184903〉

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