Assembler un génome sur un pico-ordinateur

Dominique Lavenier 1
1 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics
Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
Abstract : Pour assembler des génomes complexes, les traitements informatiques sont longs et exigent des ordinateurs de très grosses capacités. Grâce à une technologie logicielle à faible empreinte mémoire, l’équipe GenScale est parvenue à assembler le génome de la framboise (Raspberry en anglais) sur le Raspberry PI, un picoordinateur de la taille d’une carte de crédit. Une démonstration d’efficacité et l’assurance que la bioinformatique génomique sera bientôt adaptée aux ordinateurs standards.
Document type :
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01235355
Contributor : Dominique Lavenier <>
Submitted on : Monday, November 30, 2015 - 9:54:38 AM
Last modification on : Thursday, February 7, 2019 - 4:09:45 PM

Identifiers

  • HAL Id : hal-01235355, version 1

Citation

Dominique Lavenier. Assembler un génome sur un pico-ordinateur. Biofutur, Elsevier - Cachan : Lavoisier, 2015, 34 (363). ⟨hal-01235355⟩

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