Caractérisation en séquence et en structure des protéines virales : Etude de l’ARN-polymérase ARN-dépendante et des protéines de capside

Maud Jusot 1, 2
1 Dyliss - Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences
IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : Les virus jouent un rôle important dans l’écologie marine mais leur diversité et leurs rôles demeurent peu connus. Il semble particulièrement intéressant de profiter de la collecte des données métagénomiques du programme TARA-Oceans pour commencer à évaluer la diversité et l’impact de ces virus marins. Toutefois, les génomes de virus possèdent un fort taux de mutation qui rend leur identification difficile. Le but de ce stage était d’améliorer l’identification des virus dans les données métagénomiques en explorant deux sources d’informations différentes pour caractériser deux familles de protéines virales : les ARN-polymérases ARN-dépendantes (RdRps) conservées en séquence et présentes chez tous les virus à ARN, et les protéines de capsides, caractéristiques des virus et conservées en structure. La caractérisation en séquences des RdRps a confirmé la difficulté à identifier ces séquences qui mutent beaucoup et à les distinguer des RdRps cellulaires, malgré l’utilisation de différents outils tels que BLAST, HMMER et Protomata ainsi qu’un effort de paramétrisation de ce dernier. L’étude de la spécificité des fragments de contact (paire de segments de squelette carboné en interaction) des protéines de capsides s’est en revanche révélée prometteuse puisqu’elle nous a permis d’identifier des fragments caractéristiques des virus.
Type de document :
Mémoires d'étudiants -- Hal-inria+
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2015
Liste complète des métadonnées

Littérature citée [19 références]  Voir  Masquer  Télécharger

https://hal.inria.fr/hal-01246372
Contributeur : François Coste <>
Soumis le : vendredi 18 décembre 2015 - 14:11:29
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:35
Document(s) archivé(s) le : samedi 19 mars 2016 - 13:21:24

Identifiants

  • HAL Id : hal-01246372, version 1

Citation

Maud Jusot. Caractérisation en séquence et en structure des protéines virales : Etude de l’ARN-polymérase ARN-dépendante et des protéines de capside. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2015. 〈hal-01246372〉

Partager

Métriques

Consultations de la notice

208

Téléchargements de fichiers

144