De novo detection of structure repeats in Proteins

Mathilde Le Boudic-Jamin 1 Rumen Andonov 1
1 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics
Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
Résumé : Almost 25% of proteins contains internal repeats, these repeats may have a major role in the protein function. Furthermore some proteins actually are the same substructure repeated many times, these proteins are solenoids. But only few repeat detection programs exist, we present here Kunoichi, a simple and efficient tool for discovering protein repeats. Kunoichi is based on protein fragment comparison and clique detection. As first results, we show that Kunoichi can find different levels of repetitions and successfully identify protein tiles. Kunoichi is available on request from the authors. Détection de novo de structures répétées au sein des protéines Résumé Environ un quart des protéines contiennent des répétitions internes, ces répétitions peuvent jouer un rôle crucial dans la fonction de leurs protéines.De plus, certaines protéines ne sont en fait qu'une succession d'une sous-structure répétées plusieurs fois. Ces protéines modulaires sont appelées protéines solénoïdes. Néanmoins, peu d'outils de détection de répétitions existent. Nous présentons ici Kunoichi, un outil de détection de répétitions simple et efficace. Kunoichi est basé sur la comparaison des fragments ainsi que sur la détection de cliques. Les premiers résultats montrent que Kunoichi peut trouver différents niveaux de répétitions et identifier avec succès les "tuiles" composants les protéines multi-répétées. Kunoichi est disponible sur demande auprès des auteurs.
Type de document :
Communication dans un congrès
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM , Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM à Clermont-Ferrand les 6-9 Juillet 2015
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Contributeur : Rumen Andonov <>
Soumis le : mardi 5 janvier 2016 - 04:15:44
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:35
Document(s) archivé(s) le : jeudi 7 avril 2016 - 14:56:18

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Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov. De novo detection of structure repeats in Proteins. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM , Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM à Clermont-Ferrand les 6-9 Juillet 2015. 〈hal-01250541〉

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