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Reports (Research Report) Year : 2017

Evaluation of long read error correction software

Evaluation des logiciels de correction de lectures longues

(1) , (1, 2)
1
2

Abstract

This report compares several read error correction software that use 3rd generation sequencing technology (long reads). The experimentations have been performed on several reference genomes and the results evaluated with QUAST. The long read error correctors that have been evaluated are: LSC-2, Proovread, Ectools, Lordec, Nanocorr, Nas, Jabba, Pacbiotoca, Lorma et MHAP. The first 8 software can merge long and short reads, while the last 3 software use only long reads.
Ce rapport compare plusieurs programmes de correction d'erreurs de lectures (reads) issus de la technologie de séquençage de 3ème génération (longues lectures). Les expérimentations ont été menées sur plusieurs génomes de référence. Les logiciels de correction d'erreurs évalués sont : LSC-2, Proovread, Ectools, Lordec, Nanocorr, Nas , Jabba, Pacbiotoca, Lorma et MHAP. Les 8 premiers mixent longues et courtes lectures tandis que les 3 derniers n'utilisent que des longues lectures.
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Dates and versions

hal-01463694 , version 1 (09-02-2017)

Identifiers

  • HAL Id : hal-01463694 , version 1

Cite

Laurent Bouri, Dominique Lavenier. Evaluation of long read error correction software. [Research Report] RR-9028, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique; GenScale. 2017. ⟨hal-01463694⟩
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