Integration of Linked Data into Galaxy using Askomics

Xavier Garnier; Olivier Dameron; Olivier Filangi; Fabrice Legeai; Anthony Bretaudeau

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Integration of Linked Data into Galaxy using Askomics

Xavier Garnier ¹ Olivier Dameron ¹ Olivier Filangi ^{2, 3} Fabrice Legeai ^{2, 4} Anthony Bretaudeau ^{2, 3}

1 Dyliss - Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences

Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE

2 IGEPP - Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes

3 Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes]

UR1 - Université de Rennes 1, Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE

4 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics

Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE

Xavier Garnier ¹ AuthorId : 1601602
Mail :
Author IdHAL : xaviergarnier

Olivier Dameron ¹ AuthorId : 1601603
Mail :
Author

Olivier Filangi ^{2, 3} AuthorId : 655514
Author

Fabrice Legeai ^{2, 4} AuthorId : 1601605
Mail :
Author

Anthony Bretaudeau ^{2, 3} AuthorId : 613512
Mail :
Author IdHAL : anthony-bretaudeau

1 Dyliss - Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Campus de Beaulieu 35042 Rennes cedex - France) StructId : 491479

Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu 35042 Rennes cedex - France) StructId : 419153
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (France) StructId : 491231
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc Campus de Beaulieu 35042 RENNES CEDEX - France) StructId : 490899
  - CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France) StructId : 411575
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France) StructId : 441569
  - ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France) StructId : 247362
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France) StructId : 117606
    - INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France) StructId : 301232
    - UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
  - IMT Atlantique - IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (Campus Brest : Technopôle Brest-Iroise CS 8381829238 BREST Cedex 3 - Campus Nantes : 4, rue Alfred Kastler- La chantrerie 44300 NANTES - Campus Rennes : 2 Rue de la Châtaigneraie, 35510 CESSON SEVIGNE - France) StructId : 481355
    - IMT - Institut Mines-Télécom [Paris] (37-39 Rue Dareau, 75014 Paris - France) StructId : 302102
  - UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France) StructId : 172265
  - UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
    - UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860

2 IGEPP - Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (Domaine de la Motte au Vicomte BP 35327 35653 Le Rheu - France) StructId : 190314

INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1349 (France) StructId : 92114
UR1 - Université de Rennes 1 : UMR1349 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
AGROCAMPUS OUEST : UMR1349 (Institut Supérieur des Sciences Agronomiques, Agroalimentaires, Horticoles et du Paysage - 65, rue de St Brieuc - CS 84215 - 35042 Rennes cedex - France) StructId : 108028
- Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (France) StructId : 1042499

3 Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes] (France) StructId : 491693

UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
Plateforme Génomique Santé Biogenouest® (France) StructId : 326388
Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu 35042 Rennes cedex - France) StructId : 419153
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (France) StructId : 491231
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc Campus de Beaulieu 35042 RENNES CEDEX - France) StructId : 490899
  - CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France) StructId : 411575
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France) StructId : 441569
  - ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France) StructId : 247362
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France) StructId : 117606
    - INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France) StructId : 301232
    - UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
  - IMT Atlantique - IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (Campus Brest : Technopôle Brest-Iroise CS 8381829238 BREST Cedex 3 - Campus Nantes : 4, rue Alfred Kastler- La chantrerie 44300 NANTES - Campus Rennes : 2 Rue de la Châtaigneraie, 35510 CESSON SEVIGNE - France) StructId : 481355
    - IMT - Institut Mines-Télécom [Paris] (37-39 Rue Dareau, 75014 Paris - France) StructId : 302102
  - UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France) StructId : 172265
  - UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
    - UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860

4 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (Campus de Beaulieu 35042 Rennes cedex - France) StructId : 491655

Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu 35042 Rennes cedex - France) StructId : 419153
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (France) StructId : 491231
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc Campus de Beaulieu 35042 RENNES CEDEX - France) StructId : 490899
  - CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France) StructId : 411575
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France) StructId : 441569
  - ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France) StructId : 247362
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France) StructId : 117606
    - INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France) StructId : 301232
    - UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
  - IMT Atlantique - IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (Campus Brest : Technopôle Brest-Iroise CS 8381829238 BREST Cedex 3 - Campus Nantes : 4, rue Alfred Kastler- La chantrerie 44300 NANTES - Campus Rennes : 2 Rue de la Châtaigneraie, 35510 CESSON SEVIGNE - France) StructId : 481355
    - IMT - Institut Mines-Télécom [Paris] (37-39 Rue Dareau, 75014 Paris - France) StructId : 302102
  - UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France) StructId : 172265
  - UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
    - UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860

Keywords : Askomics Linked data SparQL Galaxy

Document type :

Conference papers

Domain :

Computer Science [cs] / Bioinformatics [q-bio.QM]

Complete list of metadatas

https://hal.inria.fr/hal-01576870
Contributor : Fabrice Legeai <>
Submitted on : Thursday, August 24, 2017 - 11:21:29 AM
Last modification on : Monday, July 6, 2020 - 3:39:57 PM

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HAL Id : hal-01576870, version 1

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Xavier Garnier, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau. Integration of Linked Data into Galaxy using Askomics. Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. ⟨hal-01576870⟩

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