Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes

Laetitia Guillot; Ludovic Delage; Alain Viari; Yves Vandenbrouck; Emmanuelle Com; Andrés Ritter; Régis Lavigne; Dominique Marie; Pierre Peterlongo; Philippe Potin; Charles Pineau

doi:10.1186/s12864-019-5431-9

Home
Submit
Browse all HAL
Inria publications
Search
Services
Help
OpenAccess
- Inria supporting open science

Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes

Laetitia Guillot ^{1, 2, 3} Ludovic Delage ⁴ Alain Viari ^{5, 6} Yves Vandenbrouck ⁷ Emmanuelle Com ^{1, 3, 2} Andrés Ritter ⁸ Régis Lavigne ^{1, 3, 2} Dominique Marie ⁸ Pierre Peterlongo ⁹ Philippe Potin ⁸ Charles Pineau ^{1, 2, 3}

1 EHESP - École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP]

2 Irset - Institut de recherche en santé, environnement et travail

3 Protim - Proteomics Core Facility

4 SBR - Station biologique de Roscoff

5 ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale

Inria Grenoble - Rhône-Alpes

6 Baobab

PEGASE - Département PEGASE [LBBE]

7 IRIG - Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble

8 LBI2M - Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins

9 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics

Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE

Laetitia Guillot ^{1, 2, 3} AuthorId : 428092

Author IdHAL : laetitia-guillot-cloarec ORCID : https://orcid.org/0000-0002-9990-0126

Ludovic Delage ⁴ AuthorId : 752078
Author

Alain Viari ^{5, 6} AuthorId : 794411

Author IdHAL : alain-viari ORCID : https://orcid.org/0000-0002-1329-7777

Yves Vandenbrouck ⁷ AuthorId : 130070

Author IdHAL : yves-vandenbrouck

Emmanuelle Com ^{1, 3, 2} AuthorId : 502286

Author IdHAL : emmanuelle-com ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/E-8656-2011 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-7401-817X

Andrés A Ritter ⁸ AuthorId : 1615635
Author

Régis Lavigne ^{1, 3, 2} AuthorId : 450231
Author

Dominique Marie ⁸ AuthorId : 397239
Author

Pierre Peterlongo ⁹ AuthorId : 333112

Author IdHAL : pierre-peterlongo ORCID : https://orcid.org/0000-0003-0776-6407

Philippe Potin ⁸ AuthorId : 237503
Author

Charles Pineau ^{1, 2, 3} AuthorId : 525243

Author IdHAL : charles-pineau ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/D-9185-2013 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-7461-5433

1 EHESP - École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (15, avenue du Pr. Léon Bernard - 35043 Rennes Cedex - France) StructId : 301986

2 Irset - Institut de recherche en santé, environnement et travail (263 avenue Général Leclerc 35042 Rennes Cedex - France) StructId : 182194

UA - Université d'Angers (Université d'Angers - 40 Rue de Rennes, BP 73532 - 49035 Angers CEDEX 01 - France) StructId : 74911
UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
EHESP - École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (15, avenue du Pr. Léon Bernard - 35043 Rennes Cedex - France) StructId : 301986
INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1085 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France) StructId : 303623
Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique - Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes (Université Rennes 1 - Campus Santé Villejean - 2, avenue Professeur Léon Bernard 35043 Rennes cedex - France) StructId : 453207

3 Protim - Proteomics Core Facility (Plateforme Protim Campus de Beaulieu, Rennes cedex F-3504 - France) StructId : 220094

UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
Plateforme Génomique Santé Biogenouest® (France) StructId : 326388

4 SBR - Station biologique de Roscoff (Place Georges Teissier - BP 74 29682 ROSCOFF CEDEX - France) StructId : 541806

SU - Sorbonne Université (21 rue de l’École de médecine - 75006 Paris - France) StructId : 413221
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : FR2424 (France) StructId : 441569

5 ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (Université Claude Bernard (Lyon 1), Campus DOUA 43, Boulevard du 11 Novembre 1918 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 417639

Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée 655 avenue de l'Europe 38330 Montbonnot - France) StructId : 2497
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009

6 Baobab (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543494

PEGASE - Département PEGASE [LBBE] (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543488
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
  - UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
    - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - VAS - VetAgro Sup (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

7 IRIG - Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (France) StructId : 555292

DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/IRIG (Direction de Recherche Fondamentale Fundamental Research Division CEA Saclay 91191 Gif-sur-Yvette - France) StructId : 465913
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France) StructId : 300016

8 LBI2M - Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins (Station Biologique de Roscoff Place Georges Teissier 29680 Roscoff - France) StructId : 542078

SU - Sorbonne Université (21 rue de l’École de médecine - 75006 Paris - France) StructId : 413221
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8227 (France) StructId : 441569
SBR - Station biologique de Roscoff (Place Georges Teissier - BP 74 29682 ROSCOFF CEDEX - France) StructId : 541806
- SU - Sorbonne Université (21 rue de l’École de médecine - 75006 Paris - France) StructId : 413221
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : FR2424 (France) StructId : 441569

9 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (Campus de Beaulieu 35042 Rennes cedex - France) StructId : 491655

Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu 35042 Rennes cedex - France) StructId : 419153
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (France) StructId : 491231
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc Campus de Beaulieu 35042 RENNES CEDEX - France) StructId : 490899
  - UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
    - UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
  - INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France) StructId : 117606
    - INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France) StructId : 301232
    - UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
  - UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France) StructId : 172265
  - ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France) StructId : 247362
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France) StructId : 411575
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France) StructId : 441569
  - IMT Atlantique - IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (Campus Brest : Technopôle Brest-Iroise CS 8381829238 BREST Cedex 3 - Campus Nantes : 4, rue Alfred Kastler- La chantrerie 44300 NANTES - Campus Rennes : 2 Rue de la Châtaigneraie, 35510 CESSON SEVIGNE - France) StructId : 481355

Keywords : Genome annotation Bioinformatics Proteomics Tandem mass spectrometry Proteogenomics Peptide sequence tag

Document type :

Journal articles

Domain :

Computer Science [cs] / Bioinformatics [q-bio.QM]

Computer Science [cs] / Data Structures and Algorithms [cs.DS]

Complete list of metadatas

Cited literature [68 references] Display Hide Download

https://hal.inria.fr/hal-01987197
Contributor : Pierre Peterlongo <>
Submitted on : Sunday, January 20, 2019 - 10:08:28 PM
Last modification on : Monday, January 27, 2020 - 5:52:02 PM

File

Guillot2019_Article_Peptimappe...

Files produced by the author(s)

Identifiers

HAL Id : hal-01987197, version 1
PUBMED : 30654742
DOI : 10.1186/s12864-019-5431-9

Collections

Citation

Laetitia Guillot, Ludovic Delage, Alain Viari, Yves Vandenbrouck, Emmanuelle Com, et al.. Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes. BMC Genomics, BioMed Central, 2019, 20 (1), pp.56. ⟨10.1186/s12864-019-5431-9⟩. ⟨hal-01987197⟩

Export

BibTeX TEI DC DCterms EndNote

Metrics

Record views

372

Files downloads

Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes

File

Identifiers

Collections

Citation

Export

Metrics

372

313

Contact

Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes

File

Identifiers

Collections

Citation

Export

Share

Metrics

372

313

Contact