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Transcriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules
Camille Sessegolo
1, 2
Corinne Cruaud
3
Corinne da Silva
3
Audric Cologne
4, 1
Marion Dubarry
3
Thomas Derrien
5
Vincent Lacroix
1, 2
Jean-Marc Aury
3
1
ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale
Inria Grenoble - Rhône-Alpes
Camille Sessegolo 1, 2
Author
Corinne Cruaud 3
Author
Corinne da Silva 3
Author
Audric Cologne 4, 1
Author
Marion Dubarry 3
Author
Thomas Derrien 5
Author IdHAL : derrien-thomas ORCID : https://orcid.org/0000-0002-8211-5789
Vincent Lacroix 1, 2
Author IdHAL : vincent-lacroix ORCID : https://orcid.org/0000-0002-4235-8524
Jean-Marc Aury 3
Author
1
ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (Université Claude Bernard (Lyon 1),
Campus DOUA
43, Boulevard du 11 Novembre 1918
69622 Villeurbanne cedex - France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
2
Baobab (LBBE
43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- PEGASE - Département PEGASE [LBBE] (LBBE
43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
3
GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (2, rue Gaston Crémieux CP5706 91057 EVRY Cedex - France)
- Université Paris-Saclay (Espace Technologique, Bat. Discovery - RD 128 - 2e ét., 91190 Saint-Aubin - France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/JACOB (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
4
LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
5
IGDR - Institut de Génétique et Développement de Rennes (Faculté de Médecine - CS 34317 2 Av du Professeur Léon Bernard 35043 Rennes Cedex - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6290 (France)
- Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique - Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes (Université Rennes 1 - Campus Santé Villejean - 2, avenue Professeur Léon Bernard 35043 Rennes cedex - France)
Document type :
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-02335574
Contributor : Marie-France Sagot <>
Submitted on : Monday, October 28, 2019 - 1:19:03 PM
Last modification on : Wednesday, June 17, 2020 - 3:42:04 PM
Contributor : Marie-France Sagot <>
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Last modification on : Wednesday, June 17, 2020 - 3:42:04 PM
File
41598_2019_Article_51470.pdf
Publisher files allowed on an open archive
Identifiers
- HAL Id : hal-02335574, version 1
- DOI : 10.1038/s41598-019-51470-9
- PUBMED : 31624302
Collections
IGDR | UNIV-RENNES1 | CNRS | CEA | BIOENVIS | CEA-UPSAY | UNIV-LYON1 | BIOSIT | UR1-UFR-SVE | INRIA | JACOB | CEA-DRF | UNIV-RENNES | GENOSCOPE | UNIV-PARIS-SACLAY | UDL
Citation
Camille Sessegolo, Corinne Cruaud, Corinne da Silva, Audric Cologne, Marion Dubarry, et al.. Transcriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9 (1), pp.14908. ⟨10.1038/s41598-019-51470-9⟩. ⟨hal-02335574⟩
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