Transcriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules

Camille Sessegolo; Corinne Cruaud; Corinne da Silva; Audric Cologne; Marion Dubarry; Thomas Derrien; Vincent Lacroix; Jean-Marc Aury

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Transcriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules

Camille Sessegolo ^{1, 2} Corinne Cruaud ³ Corinne da Silva ³ Audric Cologne ^{4, 1} Marion Dubarry ³ Thomas Derrien ⁵ Vincent Lacroix ^{1, 2} Jean-Marc Aury ³

1 ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale

Inria Grenoble - Rhône-Alpes

2 Baobab

PEGASE - Département PEGASE [LBBE]

3 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]

4 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558

5 IGDR - Institut de Génétique et Développement de Rennes

Camille Sessegolo ^{1, 2} AuthorId : 11305648
Author

Corinne Cruaud ³ AuthorId : 349624

Author

Corinne da Silva ³ AuthorId : 311661
Author

Audric Cologne ^{4, 1} AuthorId : 11196819
Author

Marion Dubarry ³ AuthorId : 796844
Author

Thomas Derrien ⁵ AuthorId : 1450209

Author

Vincent Lacroix ^{1, 2} AuthorId : 98181

Author IdHAL : vincent-lacroix ORCID : https://orcid.org/0000-0002-4235-8524

Jean-Marc Aury ³ AuthorId : 120015
Author

1 ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (Université Claude Bernard (Lyon 1), Campus DOUA 43, Boulevard du 11 Novembre 1918 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 417639

Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée 655 avenue de l'Europe 38330 Montbonnot - France) StructId : 2497
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009

2 Baobab (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543494

PEGASE - Département PEGASE [LBBE] (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543488
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
  - UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
    - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - VAS - VetAgro Sup (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

3 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (2, rue Gaston Crémieux CP5706 91057 EVRY Cedex - France) StructId : 55375

Université Paris-Saclay (Espace Technologique, Bat. Discovery - RD 128 - 2e ét., 91190 Saint-Aubin - France) StructId : 419361
DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/JACOB (Direction de Recherche Fondamentale Fundamental Research Division CEA Saclay 91191 Gif-sur-Yvette - France) StructId : 465913
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France) StructId : 300016

4 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025

UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
VAS - VetAgro Sup (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

5 IGDR - Institut de Génétique et Développement de Rennes (Faculté de Médecine - CS 34317 2 Av du Professeur Léon Bernard 35043 Rennes Cedex - France) StructId : 187162

UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6290 (France) StructId : 441569
Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique - Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes (Université Rennes 1 - Campus Santé Villejean - 2, avenue Professeur Léon Bernard 35043 Rennes cedex - France) StructId : 453207

Document type :

Journal articles

Domain :

Computer Science [cs] / Bioinformatics [q-bio.QM]

Life Sciences [q-bio]

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https://hal.inria.fr/hal-02335574
Contributor : Marie-France Sagot <>
Submitted on : Monday, October 28, 2019 - 1:19:03 PM
Last modification on : Friday, November 29, 2019 - 1:21:33 AM

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41598_2019_Article_51470.pdf

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HAL Id : hal-02335574, version 1
DOI : 10.1038/s41598-019-51470-9

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Camille Sessegolo, Corinne Cruaud, Corinne da Silva, Audric Cologne, Marion Dubarry, et al.. Transcriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-019-51470-9⟩. ⟨hal-02335574⟩

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