Transcriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules

Camille Sessegolo; Corinne Cruaud; Corinne da Silva; Audric Cologne; Marion Dubarry; Thomas Derrien; Vincent Lacroix; Jean-Marc Aury

doi:10.1038/s41598-019-51470-9

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Transcriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules

Camille Sessegolo ^{1, 2} Corinne Cruaud ³ Corinne da Silva ³ Audric Cologne ^{4, 1} Marion Dubarry ³ Thomas Derrien ⁵ Vincent Lacroix ^{1, 2} Jean-Marc Aury ^{3, *}

* Corresponding author

1 ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale

Inria Grenoble - Rhône-Alpes

2 Baobab

PEGASE - Département PEGASE [LBBE]

3 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]

4 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558

5 IGDR - Institut de Génétique et Développement de Rennes

Camille Sessegolo ^{1, 2}
Author

Corinne Cruaud ³
Author
PersonId : 853521

Corinne da Silva ³
Author

Audric Cologne ^{4, 1}
Author

Marion Dubarry ³
Author

Thomas Derrien ⁵
Author
PersonId : 181516
IdHAL : derrien-thomasORCID : 0000-0002-8211-5789IdRef : 120736284

Vincent Lacroix ^{1, 2}
Author
PersonId : 178908
IdHAL : vincent-lacroixORCID : 0000-0002-4235-8524IdRef : 130859583

Jean-Marc Aury ³
Correspondent author
PersonId : 756899ORCID : 0000-0003-1718-3010

1 ERABLE - Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (Université Claude Bernard (Lyon 1), Campus DOUA 43, Boulevard du 11 Novembre 1918 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 417639

Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée 655 avenue de l'Europe 38330 Montbonnot - France) StructId : 2497
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009

2 Baobab (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543494

PEGASE - Département PEGASE [LBBE] (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543488
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
  - UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
    - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

3 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (2, rue Gaston Crémieux CP5706 91057 EVRY Cedex - France) StructId : 55375

Université Paris-Saclay (Bâtiment Bréguet, 3 Rue Joliot Curie 2e ét, 91190 Gif-sur-Yvette - France) StructId : 419361
DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/JACOB (Direction de Recherche Fondamentale Fundamental Research Division CEA Saclay 91191 Gif-sur-Yvette - France) StructId : 465913
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France) StructId : 300016

4 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025

UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

5 IGDR - Institut de Génétique et Développement de Rennes (Faculté de Médecine - CS 34317 2 Av du Professeur Léon Bernard 35043 Rennes Cedex - France) StructId : 187162

UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6290 (France) StructId : 441569
Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique - Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes (Université Rennes 1 - Campus Santé Villejean - 2, avenue Professeur Léon Bernard 35043 Rennes cedex - France) StructId : 453207

Document type :

Journal articles

Domain :

Computer Science [cs] / Bioinformatics [q-bio.QM]

Life Sciences [q-bio]

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https://hal.inria.fr/hal-02335574
Contributor : Marie-France Sagot Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Monday, October 28, 2019 - 1:19:03 PM
Last modification on : Tuesday, October 25, 2022 - 4:24:51 PM

File

41598_2019_Article_51470.pdf

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HAL Id : hal-02335574, version 1
DOI : 10.1038/s41598-019-51470-9
PUBMED : 31624302

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Camille Sessegolo, Corinne Cruaud, Corinne da Silva, Audric Cologne, Marion Dubarry, et al.. Transcriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules. Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.14908. ⟨10.1038/s41598-019-51470-9⟩. ⟨hal-02335574⟩

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