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Reports

Exploration rapide et exhaustive des banques d'ADN

Pascale Guerdoux-Jamet 1 Dominique Lavenier 1
1 API - Parallel VLSI Architectures
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, INRIA Rennes
Résumé : Ce rapport présente un filtre matériel qui, intégré dans des logiciels couramment utilisés pour l'exploration des banques de séquences d'acides nucléiques, minimise deux inconvénient majeurs : la non exhaustivité des solutions et la lenteur des calculs. La substitution des parties logiciels critiques par ce dispositif matériel réduit les temps de calculs dans de très fortes proportions (de quelques heures à quelques minutes) tout en garantissant des résultats rigoureusement exactes. La mise en oeuvre étudiée (et testée sur des composants reprogrammables électriquement) propose, dans un faible volume, un accélérateur matériel qui peut aisément s'insérer dans un slot d'extension d'un PC ou d'une station de travail.
Document type :
Reports
Complete list of metadata

https://hal.inria.fr/inria-00074104
Contributor : Rapport de Recherche Inria <>
Submitted on : Wednesday, May 24, 2006 - 2:32:03 PM
Last modification on : Thursday, February 11, 2021 - 2:48:03 PM
Long-term archiving on: : Monday, April 5, 2010 - 12:05:07 AM

Identifiers

  • HAL Id : inria-00074104, version 1

Citation

Pascale Guerdoux-Jamet, Dominique Lavenier. Exploration rapide et exhaustive des banques d'ADN. [Rapport de recherche] RR-2580, INRIA. 1995. ⟨inria-00074104⟩

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