De nombreuses méthodes ont été développées ces dernières décennies pour effectuer la prédiction de la structure secondaire des protéines. Alors que les systèmes à base de réseaux de neurones se sont imposés en premier, d'autres méthodes ont vu le jour avec des résultats tout à fait prometteurs et parmi elles notamment, les SVM multiclasses. Ainsi, ce document traite dans un premier temps de ce qu'est une M-SVM et comment l'appliquer au problème du traitement des séquences protéiques. Ensuite, nous voyons quelle est l'architecture proposée par l'équipe et la mise en oeuvre du premier module concernant l'utilisation des alignements, avec les problèmes de pondération associés. Enfin les tests de cette nouvelle architecture avec les alignements montrent que le gain de précision est de plus de 5% en dépassant les 69% de taux de reconnaissance.