Parallélisation de la recherche de similarités entre séquences protéiques sur GPU

Van Hoa Nguyen 1, * Dominique Lavenier 1
* Auteur correspondant
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : Ce papier présente une nouvelle approche pour accélérer la recherche de similarités entre séquences protéiques. Elle repose sur une indexation complète des données en mémoire permettant d'exhiber un parallélisme massif sur des traitements simples, indépendants et bien adaptés au calcul sur GPU (Graphics Processing Units). Deux programmes ont été réalisés, iBLASTP et iTBLASTN et testés sur une carte NVIDIA GeForce 8800 GTX. Ces 2 programmes effectuent respectivement des recherches de similarités entre deux banques protéiques ou entre une banque protéique et un génome complet. Les facteurs d'accélération mesurés varient de 5 à 10 par rapport aux deux programmes de référence dans le domaine : BLASTP et TBLASTN.
Type de document :
Communication dans un congrès
RenPar'18 : Rencontres francophones du Parallélisme, Feb 2008, Fribourg, Suisse. 2008
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Contributeur : Van Hoa Nguyen <>
Soumis le : lundi 15 septembre 2008 - 00:57:04
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:05
Document(s) archivé(s) le : lundi 8 octobre 2012 - 13:06:39

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Citation

Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Parallélisation de la recherche de similarités entre séquences protéiques sur GPU. RenPar'18 : Rencontres francophones du Parallélisme, Feb 2008, Fribourg, Suisse. 2008. 〈inria-00321456〉

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