Ce papier présente une nouvelle approche pour accélérer la recherche de similarités entre séquences protéiques. Elle repose sur une indexation complète des données en mémoire permettant d'exhiber un parallélisme massif sur des traitements simples, indépendants et bien adaptés au calcul sur GPU (Graphics Processing Units). Deux programmes ont été réalisés, iBLASTP et iTBLASTN et testés sur une carte NVIDIA GeForce 8800 GTX. Ces 2 programmes effectuent respectivement des recherches de similarités entre deux banques protéiques ou entre une banque protéique et un génome complet. Les facteurs d'accélération mesurés varient de 5 à 10 par rapport aux deux programmes de référence dans le domaine : BLASTP et TBLASTN.