Implementing Protein Seed-Based Comparison Algorithm on the SGI RASC-100 Platform

Van Hoa Nguyen 1, * Alexandre Cornu 1 Dominique Lavenier 1
* Auteur correspondant
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Abstract : This paper describes a parallel FPGA implementation of a genomic sequence comparison algorithm for finding similarities between a large set of protein sequences and full genomes. Results comparable to the tblastn program from the BLAST family are provided while the computation is improved by a factor 19. The performances are mainly due to the parallelization of a critical code section on the SGI RASC-100 accelerator.
Type de document :
Communication dans un congrès
Reconfigurable Architectures Workshop - IPDPS, May 2009, Rome, Italy. 2009
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Contributeur : Van Hoa Nguyen <>
Soumis le : mardi 20 octobre 2009 - 16:08:55
Dernière modification le : vendredi 16 novembre 2018 - 01:22:23
Document(s) archivé(s) le : mercredi 16 juin 2010 - 00:56:04

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Citation

Van Hoa Nguyen, Alexandre Cornu, Dominique Lavenier. Implementing Protein Seed-Based Comparison Algorithm on the SGI RASC-100 Platform. Reconfigurable Architectures Workshop - IPDPS, May 2009, Rome, Italy. 2009. 〈inria-00425237〉

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