Création d'une bibliothèque de coeurs structuraux pour le protein threading. Utilisation des familles structurales.

Tristan Bitard Feildel 1
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : Nous nous intéressons à la constitution automatique d'une bibliothèque de coeurs structuraux pour le logiciel de protein threading FROSTO. À partir de la représentation en familles structurales issue de la classification SCOP, nous avons réalisé des outils permettant l'identification des zones similaires dans un niveau hiérarchique de la classification. Ces zones de similarités éloignées sont identifiées à partir de logiciels utilisant l'information, soit de la séquence, soit de la structure, des membres des familles structurales. Une fois ces zones identifiées nous avons réalisé des méthodes de découpages en blocs afin de redéfinir les coeurs structuraux. Les méthodes utilisant l'identification de zones similaires à partir de la séquence permettent d'améliorer la reconnaissance des membres d'une même famille structurale ou d'une même super famille structurale.
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https://hal.inria.fr/inria-00435113
Contributeur : François Coste <>
Soumis le : lundi 23 novembre 2009 - 15:47:27
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:05

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  • HAL Id : inria-00435113, version 1

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Tristan Bitard Feildel. Création d'une bibliothèque de coeurs structuraux pour le protein threading. Utilisation des familles structurales.. [Stage] 2009. 〈inria-00435113〉

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