Création d'une bibliothèque de coeurs structuraux pour le protein threading. Utilisation des familles structurales. - Archive ouverte HAL Access content directly
Reports Year : 2009

Création d'une bibliothèque de coeurs structuraux pour le protein threading. Utilisation des familles structurales.

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Abstract

Nous nous intéressons à la constitution automatique d'une bibliothèque de coeurs structuraux pour le logiciel de protein threading FROSTO. À partir de la représentation en familles structurales issue de la classification SCOP, nous avons réalisé des outils permettant l'identification des zones similaires dans un niveau hiérarchique de la classification. Ces zones de similarités éloignées sont identifiées à partir de logiciels utilisant l'information, soit de la séquence, soit de la structure, des membres des familles structurales. Une fois ces zones identifiées nous avons réalisé des méthodes de découpages en blocs afin de redéfinir les coeurs structuraux. Les méthodes utilisant l'identification de zones similaires à partir de la séquence permettent d'améliorer la reconnaissance des membres d'une même famille structurale ou d'une même super famille structurale.
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Dates and versions

inria-00435113 , version 1 (23-11-2009)

Identifiers

  • HAL Id : inria-00435113 , version 1

Cite

Tristan Bitard Feildel. Création d'une bibliothèque de coeurs structuraux pour le protein threading. Utilisation des familles structurales.. [Stage] 2009. ⟨inria-00435113⟩
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