Detecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests

Résumé : Pour comprendre le rôle des transferts horizontaux de gènes dans l'évolution, on doit savoir les détecter. Et pour ce faire, utiliser des méthodes phylogénétiques qui réconcilient les histoires de gènes et les histoires des organismes qui les portent. Mais non seulement les problèmes computationnels soulevés sont complexes, mais ils se heurtent aussi à la difficulté de séparer le signal biologique du signal artefactuel lors de la reconstruction phylogénétique. Nous présentons Prunier, une nouvelle méthode pour la détection phylogénétique des transferts, fondée sur la recherche d'une sous-forêt en accord statistique avec un arbre de gène et un arbre de référence. Le choix de la définition de l'accord statistique entre deux arbres est donné à l'utilisateur. Nous décrivons l'évaluation de la performance de Prunier et de deux autres programmes (EEEP and RIATA-HGT). Prunier montre une sensibilité comparable, et une meilleure spécificité. Nous montrons que les transferts horizontaux portent un signal phylogénétique et peuvent être utilisés pour donner une direction à l'évolution dans un arbre d'espèce (identifier une racine). Nous discutons également de l'utilisation possible de Prunier por la reconstruction de l'arbre de la vie.
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Contributeur : Eric Tannier <>
Soumis le : lundi 18 octobre 2010 - 13:08:19
Dernière modification le : mardi 24 avril 2018 - 13:52:16
Document(s) archivé(s) le : mercredi 19 janvier 2011 - 02:47:23

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Sophie Abby, Eric Tannier, Manolo Gouy, Vincent Daubin. Detecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2010, 11 (324), pp.13. 〈http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-11-324.pdf〉. 〈10.1186/1471-2105-11-324 〉. 〈inria-00527151〉

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