Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots

Cédric Saule 1 Claire Wallon 1 Alain Denise 1, 2, 3, *
* Auteur correspondant
2 AMIB - Algorithms and Models for Integrative Biology
LIX - Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau], LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique, UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11, Inria Saclay - Ile de France, X - École polytechnique, CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8623
Abstract : We give an efficient algorithm to generate random RNA secondary structures with pseudoknots, either uniformly or non uniformly in a controllable fashion. Although we consider a restrictive class of pseudoknots, the class of {\em simple recursive pseudoknots}, it turns out that most of the known real RNA pseudoknotted secondary structures in the biological databases belong to this class.
Type de document :
Communication dans un congrès
GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada. 2010
Liste complète des métadonnées

https://hal.inria.fr/inria-00543315
Contributeur : Cédric Saule <>
Soumis le : lundi 6 décembre 2010 - 13:11:41
Dernière modification le : jeudi 10 mai 2018 - 02:06:02
Document(s) archivé(s) le : lundi 7 mars 2011 - 03:18:28

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  • HAL Id : inria-00543315, version 1

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Cédric Saule, Claire Wallon, Alain Denise. Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots. GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada. 2010. 〈inria-00543315〉

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