GenRGenS: Software for Generating Random Genomic Sequences and Structures

Yann Ponty 1, 2 Michel Termier 3 Alain Denise 1, 3, 4, *
* Auteur correspondant
1 AMIB - Algorithms and Models for Integrative Biology
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8623, Polytechnique - X, Inria Saclay - Ile de France, UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11, LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique, LIX - Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau]
Abstract : GenRGenS is a software tool dedicated to randomly generating genomic sequences and structures. It handles several classes of models useful for sequence analysis, such as Markov chains, hidden Markov models, weighted context-free grammars, regular expressions and PROSITE expressions. GenRGenS is the only program that can handle weighted context-free grammars, thus allowing the user to model and to generate structured objects (such as RNA secondary structures) of any given desired size. GenRGenS also allows the user to combine several of these different models at the same time. Availability: Source and executable files of GenRGenS (in Java) and the complete user's manual are freely available at http://www.lri.fr/bio/GenRGenS
Type de document :
Article dans une revue
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2006, 22 (12), pp.1534--1535. 〈10.1093/bioinformatics/btl113〉
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Contributeur : Yann Ponty <>
Soumis le : lundi 12 septembre 2011 - 20:15:10
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:23:08
Document(s) archivé(s) le : mardi 13 décembre 2011 - 02:20:13

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Yann Ponty, Michel Termier, Alain Denise. GenRGenS: Software for Generating Random Genomic Sequences and Structures. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2006, 22 (12), pp.1534--1535. 〈10.1093/bioinformatics/btl113〉. 〈inria-00548871〉

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