Similarités et divergences, globales et locales entre structures protéiques

Mathilde Le Boudic-Jamin 1
1 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics
IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : Cette thèse s’articule autour de la comparaison de protéines en trois dimensions. Premièrement les structures sont comparées, mesurées en termes de similarité/distance dans un but de classification supervisée. Cette classification des domaines structuraux au sein de classifications hiérarchiques se fait par le biais de dominances et d’apprentissages permettant d’assigner plus rapidement et de manière exacte de nouveaux domaines. Deuxièmement, nous proposons une méthode de modélisation de comparaisons de protéines au sein de graphes dont le parcours permet d’extraire les différentes sous-structures similaires. Cette méthode repose sur des notions de compatibilités entre éléments des structures ainsi que des critères de distances entre éléments. Ces méthodes sont capables de détecter des événements tels que des permutations circulaires, des charnières (flexibilité) et des répétitions de motifs structuraux. Finalement nous proposons une nouvelle approche dans l’analyse fine de structures afin de faciliter la recherche de régions divergentes entre structures 3D fortement similaires.
Type de document :
Thèse
Bio-informatique [q-bio.QM]. Universite Rennes 1, 2015. Français
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Contributeur : Rumen Andonov <>
Soumis le : mercredi 6 janvier 2016 - 15:00:28
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:35
Document(s) archivé(s) le : jeudi 7 avril 2016 - 15:48:06

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Mathilde Le Boudic-Jamin. Similarités et divergences, globales et locales entre structures protéiques. Bio-informatique [q-bio.QM]. Universite Rennes 1, 2015. Français. 〈tel-01250540〉

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