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Theses Year : 2015

Global and Local Similarities and Divergences of Protein Structures

Similarités et divergences, globales et locales entre structures protéiques

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Abstract

This thesis focused on Protein Structure comparisons and meanings. First, structures were scored, with criteria of similarity and distance in order to provide a supervised classification. This structural domain classification inside existing hierarchical databases was possible using dominances and learning that allow to assign new domains with accuracy and exactly. Second we focused on local similarities and proposed a method of protein comparison modelisation inside graphs. Graph traversal allows to find protein similar substructures. This method is based on compatibility between elements and criterion of distances. We wera able to detect events such that circular permutations, hinges and structural motif repeats. Finally we propose a new approach of accurate protein structure analysis that focused on divergences between similar structures.
Cette thèse s’articule autour de la comparaison de protéines en trois dimensions. Premièrement les structures sont comparées, mesurées en termes de similarité/distance dans un but de classification supervisée. Cette classification des domaines structuraux au sein de classifications hiérarchiques se fait par le biais de dominances et d’apprentissages permettant d’assigner plus rapidement et de manière exacte de nouveaux domaines. Deuxièmement, nous proposons une méthode de modélisation de comparaisons de protéines au sein de graphes dont le parcours permet d’extraire les différentes sous-structures similaires. Cette méthode repose sur des notions de compatibilités entre éléments des structures ainsi que des critères de distances entre éléments. Ces méthodes sont capables de détecter des événements tels que des permutations circulaires, des charnières (flexibilité) et des répétitions de motifs structuraux. Finalement nous proposons une nouvelle approche dans l’analyse fine de structures afin de faciliter la recherche de régions divergentes entre structures 3D fortement similaires.
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Dates and versions

tel-01250540 , version 1 (06-01-2016)

Identifiers

  • HAL Id : tel-01250540 , version 1

Cite

Mathilde Le Boudic-Jamin. Similarités et divergences, globales et locales entre structures protéiques. Bio-informatique [q-bio.QM]. Universite Rennes 1, 2015. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-01250540⟩
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