Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Access content directly
Reports (Research Report) Year : 2011

Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes

Abstract

Les structures de CRISPR sont des suites d'unités répétées largement présentes dans les génomes procaryotes mais absentes des génomes eucaryotes. Nous avons déjà réalisé une base de données relationnelle, Crispi, rassemblant l'ensemble des CRISPR, et alimentée en permanence par une mise à jour automatique. Il s'agit ici d'enrichir la base en ajoutant l'annotation des structures présentes dans les éléments CRISPR. L'identification de ces structures palindromiques (tige-boucles) a été réalisée à l'aide d'un modèle grammatical, en utilisant le logiciel de pattern-matching Logol. La définition du modèle de tige-boucle adapté aux CRISPRS a constitué un des points sensibles de ces travaux.
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Dates and versions

hal-00643408 , version 1 (20-12-2011)

Identifiers

  • HAL Id : hal-00643408 , version 1

Cite

Christophe Vroland, Catherine Belleannée, Jacques Nicolas. Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes. [Rapport de recherche] PI-1986, 2011, pp.24. ⟨hal-00643408⟩
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