Probing a Continuum of Macro-molecular Assembly Models with Graph Templates of Complexes

Tom Dreyfus 1 Valérie Doye 2 Frédéric Cazals 1, *
* Auteur correspondant
1 ABS - Algorithms, Biology, Structure
CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée
Résumé : La reconstruction par intégration de données est une modalité émergente pour reconstruire de gros assemblages macro-moléculaires, mais les incertitudes sur les entrées donnent lieu à la génération de modèles moyens dont l'interprétation quantitative est délicate. Ce travail présente des méthodes pour comparer de tels modèles moyens à des structures de sous-systèmes connus à résolution atomique. Plus précisément, considérons un modèle tolérancé (TOM) d'un assemblage, i.e. un continuum de formes imbriquées représentant l'assemblage à diverses échelles. Considérons également un {\em template}, i.e. un modèle à résolution atomique d'un sous-système. Nous présentons des outils dérivés de la théorie des graphes, permettant de comparer les contacts entre les protéines du TOM aux contacts du template. Nous utilisons ces outils pour analyser des modèles moyens du pore nucléaire récemment produits, et discutons nos résultats à la lumière des données expérimentales les plus récentes.
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Contributeur : Frederic Cazals <>
Soumis le : lundi 29 octobre 2012 - 14:42:35
Dernière modification le : vendredi 16 novembre 2018 - 01:19:17
Document(s) archivé(s) le : mercredi 30 janvier 2013 - 03:39:32

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  • HAL Id : hal-00745558, version 2

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Tom Dreyfus, Valérie Doye, Frédéric Cazals. Probing a Continuum of Macro-molecular Assembly Models with Graph Templates of Complexes. [Research Report] RR-8118, INRIA. 2012, pp.20. 〈hal-00745558v2〉

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